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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o49 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Symfoil-1: de novo designed beta-trefoil architecture with symmetric primary structure | ||||||
![]() | de novo designed beta-trefoil architecture with symmetric primary structure | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / beta-trefoil | ||||||
機能・相同性 | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, J. / Blaber, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Experimental support for the evolution of symmetric protein architecture from a simple peptide motif. 著者: Lee, J. / Blaber, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 40.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15743.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Synthetic sequence derived from human acidic fibroblast growth factor with a symmetric deconstruction method. The protein produced by this sequence adopts a beta-trefoil architecture with ...詳細: Synthetic sequence derived from human acidic fibroblast growth factor with a symmetric deconstruction method. The protein produced by this sequence adopts a beta-trefoil architecture with symmetric primary structure 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris, 15mg/mL protein concentration, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 20483 / Num. obs: 19854 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 18.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 53.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 868 / % possible all: 85.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.978 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→45.214 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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