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- PDB-3o44: Crystal Structure of the Vibrio cholerae Cytolysin (HlyA) Heptame... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o44
タイトルCrystal Structure of the Vibrio cholerae Cytolysin (HlyA) Heptameric Pore
要素Hemolysin
キーワードTOXIN / pore-forming toxin / hemolysin / cytolysin / beta-barrel / channel / membrane protein / detergent-solubilized / liposome
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / toxin activity / carbohydrate binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / host cell plasma membrane ...cytolysis in another organism / toxin activity / carbohydrate binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/Hemolysin toxin, pre-stem domain / Porin MspA ribbon fold / Hemolytic toxin, N-terminal / Hemolytic toxin, N-terminal domain superfamily / Hemolysin, pre-stem domain / Hemolytic toxin N terminal / Hemolysin, beta-prism lectin / Beta-prism lectin / Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like ...Leukocidin/Hemolysin toxin, pre-stem domain / Porin MspA ribbon fold / Hemolytic toxin, N-terminal / Hemolytic toxin, N-terminal domain superfamily / Hemolysin, pre-stem domain / Hemolytic toxin N terminal / Hemolysin, beta-prism lectin / Beta-prism lectin / Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain superfamily / Ricin-type beta-trefoil / Other non-globular / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Special / Distorted Sandwich / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL5 / Hemolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae 12129
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者De, S. / Olson, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the Vibrio cholerae cytolysin heptamer reveals common features among disparate pore-forming toxins.
著者: De, S. / Olson, R.
履歴
登録2010年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemolysin
B: Hemolysin
C: Hemolysin
D: Hemolysin
E: Hemolysin
F: Hemolysin
G: Hemolysin
H: Hemolysin
I: Hemolysin
J: Hemolysin
K: Hemolysin
L: Hemolysin
M: Hemolysin
N: Hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)920,09714
ポリマ－920,09714
非ポリマー00
水11,710650
1
A: Hemolysin
B: Hemolysin
C: Hemolysin
D: Hemolysin
E: Hemolysin
F: Hemolysin
G: Hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,0497
ポリマ－460,0497
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: Hemolysin
I: Hemolysin
J: Hemolysin
K: Hemolysin
L: Hemolysin
M: Hemolysin
N: Hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,0497
ポリマ－460,0497
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単位格子
Length a, b, c (Å)172.354, 182.859, 430.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
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非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
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NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and (resid 135:588)A135 - 588
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IDCodeMatrixベクター
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22given(0.140802, -0.562705, -0.814578), (-0.975032, -0.221524, -0.015509), (-0.171722, 0.796423, -0.579846)-50.959202, 44.891701, -68.067398
23given(0.07875, 0.904053, -0.420103), (-0.899189, -0.117531, -0.42148), (-0.430415, 0.410943, 0.803659)-51.4795, -1.97282, 94.372803
24given(-0.087868, 0.868991, 0.486964), (-0.889836, 0.151256, -0.430481), (-0.44774, -0.471143, 0.759969)51.9086, -12.0305, 116.628998
25given(0.082139, 0.901931, -0.423998), (-0.898461, -0.1171, -0.423149), (-0.431301, 0.415703, 0.800731)-52.119202, -2.50683, 93.888

-
要素

#1: タンパク質
Hemolysin


分子量: 65721.242 Da / 分子数: 14 / 断片: UNP residues 161-741 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae 12129(1) (コレラ菌)
遺伝子: VCG_000884 / プラスミド: PHIS-PARALLEL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI B / 参照: UniProt: C2C744, UniProt: P09545*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 20 mM HEPES, 10% PEG 2000, 20 mM Cobalt(III) Hexammine Choride, 1 mM C10E8, pH 7.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL12-211.25499, 1.25462, 1.03317
シンクロトロンSSRL BL12-221
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2009年1月1日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2009年1月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Liquid nitrogen-cooled double crystalMADMx-ray1
2Liquid nitrogen-cooled double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.254991
21.254621
31.033171
411
Reflection冗長度: 6.7 % / Av σ(I) over netI: 14.02 / 数: 696052 / Rmerge(I) obs: 0.223 / Χ2: 1.21 / D res high: 4 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 104246 / % possible obs: 85.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
8.6210099.810.0951.4977.2
6.848.6210010.1651.1727.5
5.976.8410010.2941.0747.6
5.435.9710010.3361.1017.6
5.045.4310010.3591.1727.5
4.745.0499.610.41.2597.1
4.54.7483.310.4271.2635.8
4.314.566.910.5211.1615.2
4.144.3156.310.6381.1024.5
44.1447.210.8071.0773.5
反射解像度: 2.88→100 Å / Num. obs: 299154 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 66.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.88-34.30.505288590.8391,296.3
3-3.124.60.406297830.871,299.3
3.12-3.274.60.295299070.9171,299.6
3.27-3.444.60.217299260.9891,299.7
3.44-3.654.60.154300161.0471,299.6
3.65-3.944.60.113300251.1431,299.6
3.94-4.334.60.076300411.1141,299.6
4.33-4.964.60.059301701.0651,299.4
4.96-6.254.60.055301360.9821,298.9
6.25-1004.50.035302910.9721,296.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.88→43.956 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / σ(F): 0.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 13889 5.04 %Random
Rwork0.2176 ---
obs0.2192 275516 90.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20 Å2 / ksol: 0.286 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 140.87 Å2 / Biso mean: 55.2557 Å2 / Biso min: 11.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.461 Å20 Å2-0 Å2
2--14.9775 Å2-0 Å2
3----24.4384 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4156 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→43.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数62298 0 0 650 62948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
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X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05386684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0689579
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X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.07821736
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
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12B3529X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
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16F3522X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
17G3514X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
18H3533X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
19I3525X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
110J3537X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
111K3502X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
112L3524X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
113M3525X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
114N3509X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
21B911X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
22C911X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
23D911X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
24E917X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
25F877X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
26G896X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
27H914X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
28I917X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
29J917X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
210K899X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
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31A915X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
32L915X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.88-2.92010.3413070.31616193650065
2.9201-2.95450.35123950.30017469786478
2.9545-2.99050.36744300.30577694812481
2.9905-3.02830.33784350.29467764819981
3.0283-3.06820.32694360.28847912834884
3.0682-3.11020.34364520.2788077852985
3.1102-3.15460.334570.28438135859285
3.1546-3.20170.31424300.27568264869487
3.2017-3.25170.31194380.26288401883988
3.2517-3.3050.29874530.26858532898589
3.305-3.36190.30874570.25898436889389
3.3619-3.42310.30484380.25288605904390
3.4231-3.48890.28744650.25138759922491
3.4889-3.56010.26534950.23518754924992
3.5601-3.63740.28074880.23548906939493
3.6374-3.7220.26854690.22798987945694
3.722-3.8150.26414960.21729012950894
3.815-3.91810.23064530.21399021947494
3.9181-4.03330.235040.19949109961395
4.0333-4.16340.23425100.19859114962495
4.1634-4.31210.2154550.18019280973596
4.3121-4.48460.19334830.17149339982297
4.4846-4.68850.1834920.16279357984997
4.6885-4.93540.18155110.15919372988397
4.9354-5.24410.17494930.15989444993798
5.2441-5.64820.21094530.17639474992798
5.6482-6.21520.21595090.18479465997497
6.2152-7.11130.2264870.199295321001997
7.1113-8.94710.2054840.178595981008297
8.9471-43.96090.21845140.220196221013695

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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