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万見
- PDB-3o3n: (R)-2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase in complex with its subst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o3n
タイトル(R)-2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase in complex with its substrate (R)-2-hydroxyisocaproyl-CoA
要素
  • alpha-subunit 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
  • beta-subunit 2-hydroxyacyl-CoA dehydratase
キーワードLYASE / atypical dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


(R)-2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase / L-leucine metabolic process / hydro-lyase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #370 / Rossmann fold - #11890 / Rossmann fold - #11900 / FldB/FldC dehydratase alpha/beta subunit / 2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase, D-component / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROSULFURIC ACID / Chem-IRC / IRON/SULFUR CLUSTER / (R)-2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase beta subunit / (R)-2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Knauer, S.H. / Buckel, W. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Reductive Radical Formation and Electron Recycling in (R)-2-Hydroxyisocaproyl-CoA Dehydratase.
著者: Knauer, S.H. / Buckel, W. / Dobbek, H.
履歴
登録2010年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-subunit 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
B: beta-subunit 2-hydroxyacyl-CoA dehydratase
C: alpha-subunit 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
D: beta-subunit 2-hydroxyacyl-CoA dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,24812
ポリマ－180,0104
非ポリマー3,2388
水21,7261206
1
A: alpha-subunit 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
B: beta-subunit 2-hydroxyacyl-CoA dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6246
ポリマ－90,0052
非ポリマー1,6194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area28460 Å2
手法PISA
2
C: alpha-subunit 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase
D: beta-subunit 2-hydroxyacyl-CoA dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6246
ポリマ－90,0052
非ポリマー1,6194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area28480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.648, 126.683, 177.699
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 alpha-subunit 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase


分子量: 46383.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
遺伝子: hadB / プラスミド: pASK-IBA 3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon Plus-RIL / 参照: UniProt: Q5U924
#2: タンパク質 beta-subunit 2-hydroxyacyl-CoA dehydratase


分子量: 43621.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
遺伝子: hadC / プラスミド: pASK-IBA 3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q5U923

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非ポリマー , 4種, 1214分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-IRC / S-[2-[3-[[(2R)-4-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl ]oxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-2-hydroxy-3,3-dimethyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (2R)-2-hydroxy-4-methyl-pentanethioate / (R)-2-hydroxy-4-methylpentanoyl-CoA


分子量: 881.677 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46N7O18P3S
#5: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: reservoir solution: 23 % PEG 3350, 0.1MBis-Tris Prior to freezing in liquid nitrogen the crystal was soaked in 0.1M Bis-Tris, 20 % PEG 3350, 25 % PEG 400 and 3.8 mM (R)-2-hydroxyisocaproyl- ...詳細: reservoir solution: 23 % PEG 3350, 0.1MBis-Tris Prior to freezing in liquid nitrogen the crystal was soaked in 0.1M Bis-Tris, 20 % PEG 3350, 25 % PEG 400 and 3.8 mM (R)-2-hydroxyisocaproyl-CoA for 30 minutes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月14日 / 詳細: Double crystal monochromator with 2 sets of mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 71669 / Num. obs: 71258 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / Rsym value: 0.473 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3O3M

3o3m


解像度: 2.3→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 3519 5 %RANDOM
Rwork0.2278 ---
all0.2345 71669 --
obs0.2345 71258 99.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12279 0 146 1206 13631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.382
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dtt.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4fs4s.par
X-RAY DIFFRACTION52hi_CoA_fs4.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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