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- PDB-3o3f: T. maritima RNase H2 D107N in complex with nucleic acid substrate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o3f
タイトルT. maritima RNase H2 D107N in complex with nucleic acid substrate and magnesium ions
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*C)-3')
  • DNA/RNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*C)-R(P*C)-D(P*TP*GP*AP*TP*TP*C)-3')
  • Ribonuclease HII
キーワードHYDROLASE/DNA-RNA hybrid / RNase H / nuclease / HYDROLASE-DNA-RNA hybrid complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / mismatch repair / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / manganese ion binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease HII / Ribonuclease (RNase) H type-2 domain profile. / Ribonuclease HII/HIII / Ribonuclease HII/HIII domain / Ribonuclease HII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / Ribonuclease HII
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rychlik, M.P. / Chon, H. / Cerritelli, S.M. / Klimek, P. / Crouch, R.J. / Nowotny, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
著者: Rychlik, M.P. / Chon, H. / Cerritelli, S.M. / Klimek, P. / Crouch, R.J. / Nowotny, M.
履歴
登録2010年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease HII
C: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*C)-3')
D: DNA/RNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*C)-R(P*C)-D(P*TP*GP*AP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0725
ポリマ－32,0233
非ポリマー492
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.062, 48.570, 78.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-91-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease HII / RNase HII


分子量: 24682.652 Da / 分子数: 1 / 変異: D107N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: rnhB, TM_0915 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9X017, ribonuclease H
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*C)-3')


分子量: 3702.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*C)-R(P*C)-D(P*TP*GP*AP*TP*TP*C)-3')


分子量: 3638.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.3 M MgCl2, 23% PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl211
2PEG 335011
3HEPES11
4MgCl212
5PEG 335012
6HEPES12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 20216 / Num. obs: 19185 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 68.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→29.224 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 26.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 943 5.28 %
Rwork0.191 --
obs0.1939 17874 88.81 %
all-20126 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.234 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6481 Å20 Å22.8309 Å2
2--8.7207 Å2-0 Å2
3----8.0726 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.224 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1720 487 2 146 2355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1633222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.55913
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.10540.3051040.251790X-RAY DIFFRACTION66
2.1054-2.23730.31741230.24262208X-RAY DIFFRACTION82
2.2373-2.40990.30331320.22982374X-RAY DIFFRACTION88
2.4099-2.65230.32561350.22282514X-RAY DIFFRACTION93
2.6523-3.03580.25841330.21172576X-RAY DIFFRACTION94
3.0358-3.82340.21361590.1762694X-RAY DIFFRACTION99
3.8234-29.22670.20641570.15412775X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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