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- PDB-3o2y: Structure-function analysis of human L-Prostaglandin D Synthase b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o2y
タイトルStructure-function analysis of human L-Prostaglandin D Synthase bound with fatty acid
要素Prostaglandin-H2 D-isomerase
キーワードISOMERASE / Lipocalin / prostaglandin synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / Transcriptional regulation of testis differentiation / negative regulation of male germ cell proliferation / prostanoid biosynthetic process / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation ...prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / Transcriptional regulation of testis differentiation / negative regulation of male germ cell proliferation / prostanoid biosynthetic process / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation / response to glucocorticoid / rough endoplasmic reticulum / fatty acid binding / gene expression / nuclear membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / PALMITIC ACID / Prostaglandin-H2 D-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhou, Y. / Shaw, N. / Li, Y. / Zhao, Y. / Zhang, R. / Liu, Z.-J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure-function analysis of human L-Prostaglandin D Synthase bound with fatty acid
著者: Zhou, Y. / Shaw, N. / Li, Y. / Zhao, Y. / Zhang, R. / Liu, Z.-J.
履歴
登録2010年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin-H2 D-isomerase
B: Prostaglandin-H2 D-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3487
ポリマ－36,1792
非ポリマー1,1705
水2,792155
1
A: Prostaglandin-H2 D-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6283
ポリマ－18,0891
非ポリマー5392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Prostaglandin-H2 D-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7204
ポリマ－18,0891
非ポリマー6313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.221, 90.221, 35.635
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin-H2 D-isomerase / Lipocalin-type prostaglandin-D synthase / Glutathione-independent PGD synthase / Prostaglandin-D2 ...Lipocalin-type prostaglandin-D synthase / Glutathione-independent PGD synthase / Prostaglandin-D2 synthase / PGD2 synthase / PGDS2 / PGDS / Beta-trace protein / Cerebrin-28


分子量: 18089.277 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 29-190 / 変異: C65A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41222, prostaglandin-D synthase
#2: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: 0.1M citric acid, pH 3.8, 1.7M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 29672 / Num. obs: 28122 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / % possible all: 63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 5.849 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26442 1502 5.1 %RANDOM
Rwork0.19667 ---
obs0.20012 28122 92.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.554 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.68 Å20 Å20 Å2
2---1.68 Å20 Å2
3---3.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2503 0 81 155 2739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0431.9743552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.845320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.14823.571112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.77915434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3551516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3831.51596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.422561
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7131050
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.584.5991
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 79 -
Rwork0.31 1377 -
obs--63.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4976-0.25690.60110.6248-0.04880.9665-0.0375-0.0833-0.09040.01370.06350.0794-0.0046-0.0504-0.02590.1140.0090.00590.11990.01080.08470.672-19.0744.804
23.338-1.9870.6473.0333-0.77160.3481-0.1986-0.1066-0.22540.17690.22230.0848-0.0439-0.0406-0.02380.08380.01220.00980.07340.0280.097624.426-43.4338.071
30.1348-0.09220.03620.9172-0.13230.5528-0.0041-0.052-0.089-0.1420.02530.07090.0653-0.0001-0.02120.1161-0.002-0.01880.10630.00790.08883.515-25.8511.23
42.2668-1.00370.16133.8505-0.16320.56090.050.0354-0.506-0.06260.07190.44920.09280.0875-0.12190.05440.0015-0.00540.04970.02620.229924.687-51.3455.613
50.633-0.7296-0.05211.17240.2321.77310.0580.06090.0253-0.2837-0.042-0.0383-0.3252-0.0371-0.0160.1716-0.02390.0090.1231-0.00370.03210.584-13.965-6.674
63.6515-2.09030.56164.54860.43771.9791-0.03150.3092-0.4049-0.5275-0.06560.8592-0.14860.00490.09710.1565-0.0146-0.08430.08920.00570.173616.229-41.961-1.486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2B29 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3A92 - 154
4X-RAY DIFFRACTION4B92 - 154
5X-RAY DIFFRACTION5A155 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6B155 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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