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- PDB-3o2r: Structural flexibility in region involved in dimer formation of n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o2r
タイトルStructural flexibility in region involved in dimer formation of nuclease domain of Ribonuclase III (rnc) from Campylobacter jejuni
要素(Ribonuclease III) x 2
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / nuclease domain / ribonuclase III
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease III / ribonuclease III activity / tRNA processing / mRNA processing / rRNA processing / double-stranded RNA binding / regulation of gene expression / rRNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif ...Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.251 Å
データ登録者Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structural Flexibility in Region Involved in Dimer Formation of Nuclease Domain of Ribonuclase III (rnc) from Campylobacter jejuni.
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月30日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease III
B: Ribonuclease III
C: Ribonuclease III
D: Ribonuclease III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7158
ポリマ－76,5734
非ポリマー1424
水17,529973
1
A: Ribonuclease III
B: Ribonuclease III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3584
ポリマ－38,2872
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
2
C: Ribonuclease III
D: Ribonuclease III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3584
ポリマ－38,2872
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.451, 61.552, 118.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease III


分子量: 19136.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: CJSA_1547, rnc / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 (Magic)
参照: UniProt: D3FPA5, UniProt: Q9PM40*PLUS, ribonuclease III
#2: タンパク質 Ribonuclease III


分子量: 19149.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: CJSA_1547, rnc / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 (Magic)
参照: UniProt: D3FPA5, UniProt: Q9PM40*PLUS, ribonuclease III
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細IN CHAINS B AND D, RESIDUE 31 DISPLAYS MICROHETEROGENEITY AND APPEARS AS BOTH A METHYLATED LYSINE ...IN CHAINS B AND D, RESIDUE 31 DISPLAYS MICROHETEROGENEITY AND APPEARS AS BOTH A METHYLATED LYSINE AND LYSINE. THE ORIGINAL SEQUENCE WAS THE 224 RESIDUES AS FOUND IN THE UNIPROT ENTRY - BUT THE AUTHORS SEE A CLEAR TRUNCATION AT 164.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: Protein solution: 7.6 mg/mL, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen solution: PACT (B1), 0.1M MIB buffer pH 4.0, 25% w/v PEG1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月3日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→30 Å / Num. all: 151202 / Num. obs: 151202 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 7499 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N3W

3n3w


解像度: 1.251→29.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 0.866 / SU ML: 0.018 / Isotropic thermal model: Isotropic Individually refined / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1683 7589 5 %RANDOM
Rwork0.13327 ---
all0.13501 143537 --
obs0.13501 143537 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.409 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å2-0 Å20.05 Å2
2---0.78 Å2-0 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.251→29.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4558 0 4 973 5535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225414
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2871.9837382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89139191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0415725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.3825.843255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.452151046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0211514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5511.53316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9331.51329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.325394
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.53632098
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1454.51973
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.71635414
LS精密化 シェル解像度: 1.251→1.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 546 -
Rwork0.185 10625 -
obs-10625 99.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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