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- PDB-3o1u: Iron-Catalyzed Oxidation Intermediates Captured in A DNA Repair D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o1u
タイトルIron-Catalyzed Oxidation Intermediates Captured in A DNA Repair Dioxygenase
要素
  • Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*(MDV)P*AP*CP*CP*GP*T)-3')
キーワードOXIDOREDUCTASE / Demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding ...response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA repair / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SUCCINIC ACID / DNA / DNA (> 10) / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Yi, C. / Jia, G. / Hou, G. / Dai, Q. / Zhang, W. / Zheng, G. / Jian, X. / Yang, C.-G. / Cui, Q. / He, C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Iron-catalysed oxidation intermediates captured in a DNA repair dioxygenase.
著者: Yi, C. / Jia, G. / Hou, G. / Dai, Q. / Zhang, W. / Zheng, G. / Jian, X. / Yang, C.G. / Cui, Q. / He, C.
履歴
登録2010年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32014年5月28日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
B: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*(MDV)P*AP*CP*CP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8995
ポリマ－30,7253
非ポリマー1742
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.120, 75.880, 51.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB / Alkylated DNA repair protein AlkB


分子量: 22961.303 Da / 分子数: 1
断片: N-terminus 11 amino acid truncated AlkB (UNP residues 12 to 216)
変異: S129C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: alkB, aidD, b2212, JW2200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): D3-157
参照: UniProt: P05050, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P05050, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*AP*(MDV)P*AP*CP*CP*GP*T)-3')


分子量: 3813.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid state DNA synthesizer.
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*T)-3')


分子量: 3950.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid state DNA synthesizer.

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非ポリマー , 3種, 321分子

#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% (w/v) PEG 8K, 100 mM Sodium Chloride, 25 mM magnesium chloride, 0.1M cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9266 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. all: 44608 / Num. obs: 43716 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.54→1.62 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3BIE

3bie


解像度: 1.54→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.801 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.3 / σ(I): 2.3 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22899 2061 5 %RANDOM
Rwork0.19533 ---
obs0.19705 38818 96.15 %-
all-40372 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.654 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20.05 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1580 506 9 319 2414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222287
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3212.2633222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6285211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.45423.11777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.8415258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1051513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.511.51039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92121677
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.39631248
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1244.51544
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 115 -
Rwork0.248 2038 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0643-0.0153-0.12121.50660.33080.284-0.003-0.00810.0721-0.0660.00820.0294-0.0060.0186-0.0052-0.0152-0.00320.0003-0.00790.016-0.0539-1.42690.879125.3045
22.9192-1.117-0.30053.14590.08890.29020.26070.4303-0.2068-0.3934-0.19670.2318-0.0686-0.0685-0.06390.05160.0551-0.0240.0608-0.0181-0.0499-1.1582-14.43089.3241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 13
3X-RAY DIFFRACTION2C1 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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