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万見
- PDB-3o15: Crystal Structure of Bacillus subtilis Thiamin Phosphate Synthase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o15
タイトルCrystal Structure of Bacillus subtilis Thiamin Phosphate Synthase Complexed with a Carboxylated Thiazole Phosphate
要素Thiamine-phosphate pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE / thiamin biosynthesis / TIM barrel / protein-intermediate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine phosphate synthase / thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiamine phosphate synthase / Thiamine phosphate synthase/TenI / Thiamine monophosphate synthase / Thiamin phosphate synthase superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3NM / Chem-IFP / PYROPHOSPHATE 2- / Thiamine-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者McCulloch, K.M. / Hanes, J.W. / Abdelwahed, S. / Mahanta, N. / Hazra, A. / Ishida, K. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure and Kinetic Characterization of Bacillus subtilis Thiamin Phosphate Synthase with a Carboxylated Thiazole Phosphate
著者: McCulloch, K.M. / Hanes, J.W. / Abdelwahed, S. / Mahanta, N. / Hazra, A. / Ishida, K. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2010年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine-phosphate pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9164
ポリマ－25,2981
非ポリマー6183
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.020, 96.020, 59.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Thiamine-phosphate pyrophosphorylase / TMP pyrophosphorylase / TMP-PPase / Thiamine-phosphate synthase


分子量: 25297.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: thiE / プラスミド: pQE-32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: P39594, thiamine phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-3NM / 4-methyl-5-[2-(phosphonooxy)ethyl]-1,3-thiazole-2-carboxylic acid


分子量: 267.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10NO6PS
#3: 化合物 ChemComp-IFP / 2-TRIFLUOROMETHYL-5-METHYLENE-5H-PYRIMIDIN-4-YLIDENEAMINE / 4-IMINO-5-METHIDYL-2-TRIFLUOROMETHYLPYRIMIDINE


分子量: 175.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4F3N3
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22-28% PEG4000, 75 mM MgCl2, 1 mM DTT, 100 mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 20400 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.168 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.95-2.023.40.3320061.065199.6
2.02-2.13.40.22820291.2199.8
2.1-2.23.40.17820501.291100
2.2-2.313.50.13620321.4661100
2.31-2.463.50.10920471.4381100
2.46-2.653.40.09520461.431199.7
2.65-2.913.50.07420381.174199.2
2.91-3.333.40.05820611.225198.6
3.33-4.23.40.05320610.785197
4.2-503.40.02820300.577190.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→28.35 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 970 4.7 %
Rwork0.1978 --
obs-19961 96 %
溶媒の処理Bsol: 56.263 Å2
原子変位パラメータBiso max: 75.26 Å2 / Biso mean: 28.8883 Å2 / Biso min: 11.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.506 Å20 Å20 Å2
2--1.506 Å20 Å2
3----3.013 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1635 0 37 212 1884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.19
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4ligands-try4.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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