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- PDB-3o0q: Thermotoga maritima Ribonucleotide Reductase, NrdJ, in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o0q
タイトルThermotoga maritima Ribonucleotide Reductase, NrdJ, in complex with dTTP, GDP and Adenosine
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 10 alpha/beta barrel / adenosylcobalamin dependent / ribonucleotide reductase / Reduction ribonucleotide 2'-OH position / EFFECTOR / DTTP / SUBSTRATE / GDP
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / DNA biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
TSCPD domain / TSCPD domain / Ribonucleotide reductase, adenosylcobalamin-dependent / : / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal ...TSCPD domain / TSCPD domain / Ribonucleotide reductase, adenosylcobalamin-dependent / : / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Rigid Body refinement / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Larsson, K.-M. / Logan, D.T. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis for Adenosylcobalamin Activation in AdoCbl-Dependent Ribonucleotide Reductases.
著者: Larsson, K.M. / Logan, D.T. / Nordlund, P.
履歴
登録2010年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,21811
ポリマ－146,7482
非ポリマー2,4699
水16,304905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area44760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.120, 124.380, 106.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1005-

CL

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase


分子量: 73374.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: nrdJ, TM_0118 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O33839, ribonucleoside-diphosphate reductase

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非ポリマー , 6種, 914分子

#2: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 905 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細STUDIES SUGGEST A POINT MUTATION EITHER IN THE SEQUENCING CLONE (SER->TYR MUTATION) OR IN THEIR ...STUDIES SUGGEST A POINT MUTATION EITHER IN THE SEQUENCING CLONE (SER->TYR MUTATION) OR IN THEIR EXPRESSION CLONE (TYR->SER). CODONS FOR TYR=ATA AND SER=AGA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10% PEG8000, 0.1M sodium acetate, 0.1 M sodium chloride, 10mM DTT (dithiotreithol), 5% glycerol, crystallization geometry: 4 microL protein 11miligram/milliL + 2uL reservoir solution over 300 ...詳細: 10% PEG8000, 0.1M sodium acetate, 0.1 M sodium chloride, 10mM DTT (dithiotreithol), 5% glycerol, crystallization geometry: 4 microL protein 11miligram/milliL + 2uL reservoir solution over 300 microL in 24-well plate. Crystals in 3-4 days, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 139747 / Num. obs: 138378 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.13 % / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.13 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
REFMAC精密化
MAR345データ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: Rigid Body refinement
開始モデル: PDB entry 1XJE

1xje


解像度: 1.8→23.119 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2099 6942 5.02 %
Rwork0.1763 --
obs0.178 138344 99.08 %
all-139747 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.084 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.1031 Å2-0 Å26.2685 Å2
2--0.9937 Å20 Å2
3----7.0968 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.119 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9916 0 155 905 10976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08613938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2683939
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761533
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041771
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.86430.3236940.284213207X-RAY DIFFRACTION100
1.8643-1.93890.34547140.299613125X-RAY DIFFRACTION100
1.9389-2.02710.25516530.212213212X-RAY DIFFRACTION100
2.0271-2.13390.24226640.195713235X-RAY DIFFRACTION100
2.1339-2.26750.25866790.210413154X-RAY DIFFRACTION99
2.2675-2.44240.21987220.16813102X-RAY DIFFRACTION99
2.4424-2.68790.20047020.158813179X-RAY DIFFRACTION99
2.6879-3.0760.19577500.162313068X-RAY DIFFRACTION99
3.076-3.87250.1916390.164513116X-RAY DIFFRACTION98
3.8725-23.1210.16877250.145713004X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3977-0.1005-0.28130.5747-0.29311.06040.0069-0.1395-0.04380.0334-0.0368-0.0303-0.01270.23620.0190.0474-0.0328-0.01820.1878-0.01370.0945-89.6834-55.46018.9559
20.50390.123-0.25290.3469-0.06741.4147-0.03720.02130.0003-0.0206-0.0064-0.01410.02830.02680.04220.09180.00320.0120.05720.00310.103-78.6381-49.4851-45.507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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