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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nzx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the yeast 20S proteasome in complex with ligand 2c | ||||||
要素 |
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キーワード | hydrolase/hydrolase inhibitor / ubiquitin / protein degradation / N-terminal nucleophilic hydrolase / 19S regulatory particle / ubiquitin-tagged substrates / cytosol / nucleus / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Groll, M. / Gallastegui, N. / Marechal, X. / Le Ravalec, V. / Basse, N. / Richy, N. / Genin, E. / Huber, R. / Moroder, M. / Vidal, V. / Reboud-Ravaux, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2010 タイトル: 20S proteasome inhibition: designing noncovalent linear peptide mimics of the natural product TMC-95A. 著者: Groll, M. / Gallastegui, N. / Marechal, X. / Le Ravalec, V. / Basse, N. / Richy, N. / Genin, E. / Huber, R. / Moroder, L. / Vidal, J. / Reboud-Ravaux, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nzx.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nzx.ent.gz | 1017 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nzx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3nzx_validation.pdf.gz | 688.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3nzx_full_validation.pdf.gz | 883.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3nzx_validation.xml.gz | 243.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3nzx_validation.cif.gz | 331.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/3nzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/3nzx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains the 20S proteasome composed of 28 subunits with 7 different alpha- and 7 different beta-type subunits |
-要素
-Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #4: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #6: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex #7: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #8: タンパク質 | 分子量: 28299.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 31670.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #13: タンパク質 | 分子量: 29471.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex #14: タンパク質 | 分子量: 23573.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex |
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-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 1336分子 34
#15: タンパク質・ペプチド | タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 749.851 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 参照: PDB-3NZJ, TMC-95A mimic ligand 2c #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | THE ENTIRE CHAIN OF 3 OR 4 IS THE POLYMER REPRESENTATION OF THE INHIBITOR COMPOUND UNDER THE ...THE ENTIRE CHAIN OF 3 OR 4 IS THE POLYMER REPRESENTA |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 100 mM MES/Hcl, pH 6.8, 20 mM MGAc2, 12 % MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月4日 |
放射 | モノクロメーター: Focusing Spherical Grating Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 360910 / Num. obs: 359106 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1RYP 解像度: 2.7→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 6335150.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.9587 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.87→270 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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