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- PDB-3nyj: Crystal Structure Analysis of APP E2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nyj
タイトルCrystal Structure Analysis of APP E2 domain
要素Amyloid beta A4 protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / Alzheimer's disease / helical hairpin
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / microglia development / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity ...cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / microglia development / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / signaling receptor activator activity / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / ciliary rootlet / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / Golgi-associated vesicle / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / suckling behavior / nuclear envelope lumen / dendrite development / presynaptic active zone / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / The NLRP3 inflammasome / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of presynapse assembly / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of neuron differentiation / intracellular copper ion homeostasis / ECM proteoglycans / positive regulation of T cell migration / spindle midzone / smooth endoplasmic reticulum / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / protein serine/threonine kinase binding / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / clathrin-coated pit / positive regulation of chemokine production / forebrain development / Notch signaling pathway / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein metabolic process / cholesterol metabolic process / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of glycolytic process / response to interleukin-1 / extracellular matrix organization / positive regulation of mitotic cell cycle / axonogenesis / adult locomotory behavior / platelet alpha granule lumen / trans-Golgi network membrane / positive regulation of interleukin-1 beta production / learning / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / endosome lumen / locomotory behavior / astrocyte activation / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / synapse organization / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / neuromuscular junction / visual learning / recycling endosome / cognition / Golgi lumen / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / neuron cellular homeostasis / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endocytosis / cellular response to amyloid-beta / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / neuron projection development / cell-cell junction / synaptic vesicle / Platelet degranulation / apical part of cell
類似検索 - 分子機能
Amyloid precursor protein, E2 domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal ...Amyloid precursor protein, E2 domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
OSMIUM ION / Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ha, Y. / Hu, J. / Lee, S. / Liu, X.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2011
タイトル: The E2 Domains of APP and APLP1 Share a Conserved Mode of Dimerization.
著者: Lee, S. / Xue, Y. / Hu, J. / Wang, Y. / Liu, X. / Demeler, B. / Ha, Y.
履歴
登録2010年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9612
ポリマ-24,7711
非ポリマー1901
64936
1
A: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子

A: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9224
ポリマ-49,5412
非ポリマー3802
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area22590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.979, 40.149, 58.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Amyloid beta A4 protein / Alzheimer disease amyloid protein / ABPP / APPI / APP / PreA4 / Cerebral vascular amyloid peptide / ...Alzheimer disease amyloid protein / ABPP / APPI / APP / PreA4 / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / Protease nexin-II / PN-II / N-APP / Soluble APP-alpha / S-APP-alpha / Soluble APP-beta / S-APP-beta / C99 / Beta-amyloid protein 42 / Beta-APP42 / Beta-amyloid protein 40 / Beta-APP40 / C83 / P3(42) / P3(40) / C80 / Gamma-secretase C-terminal fragment 59 / Gamma-CTF(59) / Amyloid intracellular domain 59 / AICD-59 / AID(59) / Gamma-secretase C-terminal fragment 57 / Gamma-CTF(57) / Amyloid intracellular domain 57 / AICD-57 / AID(57) / Gamma-secretase C-terminal fragment 50 / Gamma-CTF(50) / Amyloid intracellular domain 50 / AICD-50 / AID(50) / C31


分子量: 24770.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: A4, AD1, APP / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05067
#2: 化合物 ChemComp-OS / OSMIUM ION


分子量: 190.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Os
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG 4000, 20% isopropanol, 0.1M Na Citrate, pH 5.6, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.14 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.14 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. all: 4888 / Num. obs: 4888 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 102 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.368 / Num. unique all: 482 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→40 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3797 515 -RANDOM
Rwork0.2974 ---
all0.306 4888 --
obs-4888 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 229.34 Å2 / Biso mean: 68.1372 Å2 / Biso min: 2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1226 0 1 36 1263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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