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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ny4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of BlaC-K73A bound with Cefamandole | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE/ANTIBIOTIC / penicillin binding protein / beta-lactam complex / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tremblay, L.W. / Blanchard, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the Michaelis Complex (1.2 A) and the Covalent Acyl Intermediate (2.0 A) of Cefamandole Bound in the Active Sites of the Mycobacterium tuberculosis beta-Lactamase K73A and E166A Mutants. 著者: Tremblay, L.W. / Xu, H. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28214.623 Da / 分子数: 1 / 変異: K87A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: blaA, blaC, Rv2068c, MT2128, MTCY49.07c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0C5C1, UniProt: P9WKD3*PLUS, beta-lactamase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SMX / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 2 M NH4H2PO4, pH 7.5, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) Channel Cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.22→50 Å / Num. all: 76776 / Num. obs: 76623 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 10.218 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 32.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.22→1.24 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3769 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.8 Å2 / Biso mean: 14.7059 Å2 / Biso min: 5.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.22→40.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.22→1.252 Å / Total num. of bins used: 20
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