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- PDB-3nwc: Crystal Structure of the Pyrococcus furiosus SMC Protein Hinge Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nwc
タイトルCrystal Structure of the Pyrococcus furiosus SMC Protein Hinge Domain
要素SMC protein
キーワードCELL CYCLE / Structural Maintenance of Chromosomes (SMC) / SMC hinge domain / dimerization / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / sister chromatid cohesion / chromosome segregation / chromosome / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Structural maintenance of chromosomes protein, prokaryotic / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromosome partition protein Smc / Chromosome partition protein Smc
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6961 Å
データ登録者Griese, J.J. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structure and DNA-binding activity of the Pyrococcus furiosus SMC protein hinge domain
著者: Griese, J.J. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2010年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMC protein
B: SMC protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3272
ポリマ－42,3272
非ポリマー00
水4,522251
1
A: SMC protein

A: SMC protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3272
ポリマ－42,3272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3870 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
2
B: SMC protein

B: SMC protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3272
ポリマ－42,3272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3780 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.708, 118.653, 82.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-154-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 SMC protein


分子量: 21163.727 Da / 分子数: 2 / 断片: hinge domain, residues 488-667 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: SMC / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q877I1, UniProt: Q8TZY2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.8M ammonium sulphate, 0.2M potassium-sodium tartrate, 0.1M trisodium citrate pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9788, 0.9794, 0.9778
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年9月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.97941
30.97781
Reflection数: 418285 / Rmerge(I) obs: 0.047 / D res high: 1.8 Å / Num. obs: 61802 / % possible obs: 99.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
5.3335237199.510.033
3.795.33424310010.031
3.13.79544399.910.036
2.693.1645410010.045
2.412.69730710010.061
2.22.41808610010.085
2.042.2876299.910.129
1.92.04948199.910.217
1.81.9965596.610.351
反射解像度: 1.6961→35 Å / Num. obs: 38299 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 22.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 24.02
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.6961-1.80.2270.3364.77514411853115820.36597.7
1.8-1.920.140.2097.77646911134111320.226100
1.92-2.080.0810.12113.37110310391103850.13199.9
2.08-2.270.0520.08120.464195949594910.087100
2.27-2.540.0330.05629.660292864786460.061100
2.54-2.930.0260.04637.250699762776260.05100
2.93-3.580.0190.03748.543285645064490.04100
3.58-5.040.0160.03254.832184497349730.034100
5.04-350.0150.0335718487280827930.03699.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.7 Å / D res low: 34.12 Å / FOM acentric: 0.419 / FOM centric: 0.166 / Reflection acentric: 34956 / Reflection centric: 3214
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_11.734.1200295032867
ISO_21.734.120.4490.331294962866
ISO_31.734.120.1320.102295022866
ANO_11.734.122.1610294320
ANO_21.734.120.8320295040
ANO_31.734.121.7760348920
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_17.43-34.1200361155
ISO_15.32-7.4300676160
ISO_14.36-5.3200895158
ISO_13.78-4.36001079162
ISO_13.39-3.78001219165
ISO_13.09-3.39001361156
ISO_12.87-3.09001485161
ISO_12.68-2.87001595155
ISO_12.53-2.68001721167
ISO_12.4-2.53001798166
ISO_12.29-2.4001902159
ISO_12.19-2.29002009155
ISO_12.11-2.19002089170
ISO_12.03-2.11002163159
ISO_11.96-2.03002264161
ISO_11.9-1.96002336164
ISO_11.84-1.9002413158
ISO_11.79-1.84002137136
ISO_11.74-1.790000
ISO_11.7-1.740000
ANO_17.43-34.124.25103610
ANO_15.32-7.437.26906740
ANO_14.36-5.325.12808950
ANO_13.78-4.363.649010790
ANO_13.39-3.784.006012180
ANO_13.09-3.393.921013600
ANO_12.87-3.093.515014850
ANO_12.68-2.873.487015950
ANO_12.53-2.682.738017200
ANO_12.4-2.532.332017980
ANO_12.29-2.41.749019010
ANO_12.19-2.291.388020080
ANO_12.11-2.191.086020880
ANO_12.03-2.110.826021580
ANO_11.96-2.030.648022640
ANO_11.9-1.960.526023300
ANO_11.84-1.90.451024120
ANO_11.79-1.840.355020860
ANO_11.74-1.790000
ANO_11.7-1.740000
ISO_27.43-34.120.3270.267361154
ISO_25.32-7.430.6310.432676160
ISO_24.36-5.320.5180.411895158
ISO_23.78-4.360.510.3311079162
ISO_23.39-3.780.5060.3451219165
ISO_23.09-3.390.4860.3531361156
ISO_22.87-3.090.5140.3851485161
ISO_22.68-2.870.5740.4631595155
ISO_22.53-2.680.5560.4011721167
ISO_22.4-2.530.5330.3411798166
ISO_22.29-2.40.4940.3631902159
ISO_22.19-2.290.4240.2482009155
ISO_22.11-2.190.3520.2452089170
ISO_22.03-2.110.2840.222163159
ISO_21.96-2.030.2330.1672264161
ISO_21.9-1.960.2020.1652336164
ISO_21.84-1.90.1820.1432413158
ISO_21.79-1.840.1240.1152130136
ISO_21.74-1.790000
ISO_21.7-1.740000
ANO_27.43-34.122.31803610
ANO_25.32-7.432.71206760
ANO_24.36-5.321.81408950
ANO_23.78-4.361.571010790
ANO_23.39-3.781.46012180
ANO_23.09-3.391.644013610
ANO_22.87-3.091.356014830
ANO_22.68-2.871.323015950
ANO_22.53-2.681.059017210
ANO_22.4-2.530.874017980
ANO_22.29-2.40.716019020
ANO_22.19-2.290.506020090
ANO_22.11-2.190.405020880
ANO_22.03-2.110.316021580
ANO_21.96-2.030.24022640
ANO_21.9-1.960.195023320
ANO_21.84-1.90.169024120
ANO_21.79-1.840.11021520
ANO_21.74-1.790000
ANO_21.7-1.740000
ISO_37.43-34.120.1260.104361155
ISO_35.32-7.430.1770.132675160
ISO_34.36-5.320.1290.108895157
ISO_33.78-4.360.1210.0851079162
ISO_33.39-3.780.1160.0751219165
ISO_33.09-3.390.1170.0831361156
ISO_32.87-3.090.1190.0931485161
ISO_32.68-2.870.130.1141595155
ISO_32.53-2.680.1260.1021721167
ISO_32.4-2.530.1280.0911798166
ISO_32.29-2.40.1220.0951902159
ISO_32.19-2.290.120.0722009155
ISO_32.11-2.190.1130.0832089170
ISO_32.03-2.110.1020.0772163159
ISO_31.96-2.030.0930.0622264161
ISO_31.9-1.960.0850.0632336164
ISO_31.84-1.90.0790.0552413158
ISO_31.79-1.840.0660.0532137136
ISO_31.74-1.790000
ISO_31.7-1.740000
ANO_37.43-34.124.00303600
ANO_35.32-7.434.89906730
ANO_34.36-5.323.73408950
ANO_33.78-4.363.039010790
ANO_33.39-3.782.856012190
ANO_33.09-3.393013610
ANO_32.87-3.092.638014840
ANO_32.68-2.872.683015950
ANO_32.53-2.682.298017210
ANO_32.4-2.532.117017980
ANO_32.29-2.41.781019010
ANO_32.19-2.291.414020080
ANO_32.11-2.191.188020880
ANO_32.03-2.110.931021580
ANO_31.96-2.030.764022640
ANO_31.9-1.960.616023320
ANO_31.84-1.90.516024120
ANO_31.79-1.840.42024690
ANO_31.74-1.790.342025410
ANO_31.7-1.740.28025340
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
7.43-34.120.7440.351361158
5.32-7.430.6950.277676160
4.36-5.320.6630.304895158
3.78-4.360.660.261079162
3.39-3.780.6780.2551219165
3.09-3.390.6650.2871361157
2.87-3.090.6540.2141485162
2.68-2.870.6390.21595155
2.53-2.680.5930.1721721167
2.4-2.530.5820.1391798166
2.29-2.40.5440.131902159
2.19-2.290.4850.1162009155
2.11-2.190.440.1112089170
2.03-2.110.3880.0932163159
1.96-2.030.3310.0662264161
1.9-1.960.2770.0882336164
1.84-1.90.2370.0742413158
1.79-1.840.1940.092470162
1.74-1.790.1290.0612544157
1.7-1.740.0990.0452576159
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 38170
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.45-10061.10.766514
5.79-7.4553.30.873543
4.91-5.79480.891650
4.33-4.9147.80.923749
3.92-4.3351.20.913835
3.61-3.9249.90.903896
3.36-3.6149.40.9974
3.16-3.3652.20.8971029
2.99-3.1654.10.8971094
2.84-2.9951.80.8761140
2.71-2.8452.10.8891211
2.6-2.7152.60.8911259
2.51-2.6570.8891286
2.42-2.5152.70.891371
2.34-2.4258.60.8931381
2.27-2.34600.8961428
2.2-2.2761.70.8891475
2.14-2.261.30.8951526
2.09-2.1465.10.8911539
2.03-2.0965.30.891605
1.99-2.0367.20.8841655
1.94-1.9968.80.8811679
1.9-1.9472.60.8761713
1.86-1.973.30.8771729
1.82-1.8673.80.861784
1.79-1.8277.10.8631811
1.76-1.7980.20.8311858
1.7-1.7685.40.7873436

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法6位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6961→33.906 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.23 / σ(F): 2.07 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 3818 10 %random
Rwork0.194 34349 --
obs0.1981 38167 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.609 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 98.87 Å2 / Biso mean: 29.5331 Å2 / Biso min: 11.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1478 Å2-0 Å2-0 Å2
2---7.3442 Å2-0 Å2
3---2.1964 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6961→33.906 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2758 0 0 251 3009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062883
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9913896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004509
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.511139
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6961-1.71760.28551400.24491169130992
1.7176-1.74020.31041260.250912661392100
1.7402-1.7640.32661340.237712771411100
1.764-1.78920.28151370.235912301367100
1.7892-1.81590.28541430.21412561399100
1.8159-1.84430.29581490.221912611410100
1.8443-1.87450.29171520.221212441396100
1.8745-1.90690.26591380.209112691407100
1.9069-1.94150.25561440.221412501394100
1.9415-1.97890.27851410.208312721413100
1.9789-2.01930.27041400.206112611401100
2.0193-2.06320.26321430.202812641407100
2.0632-2.11110.2581440.198312791423100
2.1111-2.16390.21771270.188312721399100
2.1639-2.22240.25541370.198812721409100
2.2224-2.28780.24551480.203512731421100
2.2878-2.36160.23231580.191912491407100
2.3616-2.4460.26481350.20912781413100
2.446-2.54390.25911460.19912581404100
2.5439-2.65970.24791300.203713001430100
2.6597-2.79980.25181400.202212791419100
2.7998-2.97510.23651520.202312781430100
2.9751-3.20470.22041280.191912951423100
3.2047-3.52690.22871400.178513011441100
3.5269-4.03650.19621560.161512921448100
4.0365-5.08290.18051440.153413171461100
5.0829-33.91250.23021460.199113871533100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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