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万見
- PDB-3nul: Profilin I from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nul
タイトルProfilin I from Arabidopsis thaliana
要素PROFILIN I
キーワードACTIN BINDING PROTEIN / PROFILIN / CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


inflorescence development / unidimensional cell growth / phragmoplast / lateral root development / leaf development / sequestering of actin monomers / plasmodesma / actin polymerization or depolymerization / actin monomer binding / defense response ...inflorescence development / unidimensional cell growth / phragmoplast / lateral root development / leaf development / sequestering of actin monomers / plasmodesma / actin polymerization or depolymerization / actin monomer binding / defense response / spindle / cell cortex / nucleolus / mitochondrion / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Thorn, K. / Christensen, H.E.M. / Shigeta, R. / Huddler, D. / Chua, N.-H. / Shalaby, L. / Lindberg, U. / Schutt, C.E.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The crystal structure of a major allergen from plants.
著者: Thorn, K.S. / Christensen, H.E. / Shigeta, R. / Huddler, D. / Shalaby, L. / Lindberg, U. / Chua, N.H. / Schutt, C.E.
#1: ジャーナル: Plant J. / 年: 1996
タイトル: Arabidopsis Profilins are Functionally Similar to Yeast Profilins: Identification of a Vascular Bundle-Specific Profilin and a Pollen-Specific Profilin
著者: Christensen, H.E. / Ramachandran, S. / Tan, C.T. / Surana, U. / Dong, C.H. / Chua, N.H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Structure Determination of Bovine Profilin at 2.0 A Resolution
著者: Cedergren-Zeppezauer, E.S. / Goonesekere, N.C. / Rozycki, M.D. / Myslik, J.C. / Dauter, Z. / Lindberg, U. / Schutt, C.E.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: The Structure of Crystalline Profilin-Beta-Actin
著者: Schutt, C.E. / Myslik, J.C. / Rozycki, M.D. / Goonesekere, N.C. / Lindberg, U.
履歴
登録1996年11月27日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROFILIN I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5694
ポリマ－14,2891
非ポリマー2803
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.040, 43.070, 59.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROFILIN I


分子量: 14288.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
細胞内の位置: CELLULAR CYTOSKELETON / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q42449
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.69 %
結晶化pH: 5
詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M CITRATE, PH 5.0, 10 mM DTT, 0.2 mM EDTA
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.0 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 Mcitrate1reservoir
310 mMDTT1reservoir
40.2 mMEDTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.95, 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1996年3月15日 / 詳細: NI/RH MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYSTALLINE MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.951
21.11
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 32355 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Rsym value: 0.189 / % possible all: 78.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 146788

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→8 Å / Data cutoff high absF: 4200000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: DURING REFINEMENT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 880 6 %RANDOM
Rwork0.1808 ---
obs0.1808 26492 96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 11.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.18 Å
Luzzati d res low-6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数995 0 17 99 1111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.878
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.11
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.625
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2596 109 6.25 %
Rwork0.2562 1635 -
obs--90.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROGOLPAR.PRO
X-RAY DIFFRACTION2SOLVPAR.PROSEMETPAR.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2049
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.115
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.625

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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