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- PDB-3ntx: Crystal Structure of L-asparaginase I from Yersinia pestis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ntx
タイトルCrystal Structure of L-asparaginase I from Yersinia pestis
要素Cytoplasmic L-asparaginase I
キーワードHYDROLASE / alpha-beta-alpha sandwich / CSGID / Structural Genomics / Structural Genomics of Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


asparaginase / asparaginase activity / amino acid metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Type I L-asparaginase family / Type I (cytosolic) L-asparaginase / L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain ...Type I L-asparaginase family / Type I (cytosolic) L-asparaginase / L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase / Asparaginase/glutaminase-like / L-asparaginase, N-terminal / Asparaginase/glutaminase-like superfamily / L-asparaginase, N-terminal domain superfamily / Asparaginase, N-terminal / Asparaginase / glutaminase domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
asparaginase / asparaginase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kim, Y. / Gu, M. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of L-asparaginase I from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Gu, M. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic L-asparaginase I
B: Cytoplasmic L-asparaginase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7246
ポリマ－75,3562
非ポリマー3684
水9,062503
1
A: Cytoplasmic L-asparaginase I
ヘテロ分子

A: Cytoplasmic L-asparaginase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7246
ポリマ－75,3562
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5050 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area25160 Å2
手法PISA
2
B: Cytoplasmic L-asparaginase I
ヘテロ分子

B: Cytoplasmic L-asparaginase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7246
ポリマ－75,3562
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area4960 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.377, 109.089, 58.224
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Cytoplasmic L-asparaginase I / L-asparaginase I


分子量: 37678.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: ansA, y2161, YPO2161, YP_1961 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic
参照: UniProt: Q7CIH5, UniProt: A0A3N4B0Q2*PLUS, asparaginase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.16 M magnesium chloride, 0.08 M Tris HCl pH 8.5, 24 %w/v PEG4000, 20 % v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 54312 / Num. obs: 54312 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.92 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2734 / Rsym value: 0.741 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
BUCCANEERモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.915 Å / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 2750 5.08 %random
Rwork0.154 ---
all0.156 54133 --
obs0.156 54133 99.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.466 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2481 Å2-0 Å22.5872 Å2
2---2.0178 Å2-0 Å2
3---4.2659 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5094 0 24 503 5621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0145602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4497674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2742091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107868
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061039
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9-1.96780.23812490.21144897514695
1.9678-2.04660.23583050.18545078538399
2.0466-2.13970.20922810.160851685449100
2.1397-2.25250.21292610.157651855446100
2.2525-2.39360.22162640.158651425406100
2.3936-2.57840.21452650.163751855450100
2.5784-2.83780.22372900.165951495439100
2.8378-3.24820.18382890.150251995488100
3.2482-4.09170.18142660.133451805446100
4.0917-38.92330.16362800.15375200548098
精密化 TLS

S33: 0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9864-0.45310.62641.0279-0.32911.1993-0.06580.03350.0027-0.10470.0334-0.0198-0.10930.03510.2415-0.03860.01320.2168-0.03510.209542.2842101.476411.6133
21.6245-0.41830.04081.0115-0.15130.4359-0.05850.0421-0.1026-0.07440.0301-0.0961-0.01420.00280.2243-0.04570.01990.2176-0.01270.223729.09288.9594-28.2606
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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