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- PDB-3ntt: Structural insights of Adeno-Associated virus 5. A gene therapy V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ntt
タイトルStructural insights of Adeno-Associated virus 5. A gene therapy Vector for Cystic Fibrosis
要素Capsid protein
キーワードVIRUS / Adeno-associated virus 5 / gene therapy vector / cystic fibrosis / sialic acid receptor / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Adeno-associated virus - 5 (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Govindasamy, L. / DiMattia, M. / Chiorini, J.A. / McKenna, R. / Muzyczka, N. / Agbandje-McKenna, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into adeno-associated virus serotype 5.
著者: Govindasamy, L. / DiMattia, M.A. / Gurda, B.L. / Halder, S. / McKenna, R. / Chiorini, J.A. / Muzyczka, N. / Zolotukhin, S. / Agbandje-McKenna, M.
履歴
登録2010年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Other
改定 1.22016年8月10日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6585
ポリマ－80,4971
非ポリマー1614
水00
1
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,839,509300
ポリマ－4,829,84560
非ポリマー9,664240
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 403 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,29225
ポリマ－402,4875
非ポリマー80520
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 484 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)483,95130
ポリマ－482,9846
非ポリマー96624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.84 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,839,509300
ポリマ－4,829,84560
非ポリマー9,664240
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)264.7, 447.9, 629.7
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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52generate(-0.499783, 0.451718, 0.739032), (-0.482076, 0.563798, -0.670622), (-0.719597, -0.691435, -0.064015)-74.91722, 229.20537, 359.69909
53generate(-0.735223, 0.328326, 0.593), (0.38644, 0.921785, -0.031242), (-0.556876, 0.206189, -0.804596)-10.47304, -17.59917, 391.01623
54generate(-0.793652, 0.498446, 0.348811), (0.498446, 0.204021, 0.842572), (0.348811, 0.842572, -0.41037)24.26509, -120.76357, 158.21446
55generate(-0.594322, 0.726977, 0.343926), (-0.300847, -0.597569, 0.743238), (0.745837, 0.338254, 0.573857)-18.70975, 62.28186, -16.98208
56generate(0.10388, 0.282554, 0.95361), (0.975968, 0.155708, -0.152452), (-0.191561, 0.94653, -0.259588)-150.51905, 46.5657, 161.65221
57generate(-0.594322, -0.300847, 0.745837), (0.726977, -0.597569, 0.338254), (0.343926, 0.743238, 0.573857)20.28352, 56.56351, -30.11019
58generate(-0.99925, 0.0018, -0.03867), (0.0018, -0.99568, -0.092838), (-0.03867, -0.092838, 0.99493)179.19785, 253.37216, 15.26473
59generate(-0.551307, 0.772246, -0.315748), (-0.197394, -0.488449, -0.849973), (-0.810614, -0.406269, 0.421722)106.60974, 365.00878, 235.07038
60generate(0.130465, 0.945761, 0.297515), (0.404675, 0.223148, -0.886816), (-0.905106, 0.236095, -0.353613)-97.16651, 237.19536, 325.54281
詳細The asymmetric unit contains 60 copies of capsid protein

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 80497.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 5 (アデノ随伴ウイルス)
遺伝子: cap, VP1 / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9YIJ1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20mM Tris HCL, 350mM NaCl, MgCl2, 1.5% PEK 8K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.1
シンクロトロンCHESS F120.924
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 3151CCD
ADSC QUANTUM 42CCD
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.9241
反射解像度: 3.45→50 Å / Num. all: 1718943 / Num. obs: 762314 / % possible obs: 78.6 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 46.83 Å2 / Rsym value: 0.161 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 3.45→3.57 Å / Rsym value: 0.26 / % possible all: 58.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSC Quantumデータ収集
PHENIX精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2g8g

2g8g


解像度: 3.45→49.959 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2515 761855 100 %
Rwork0.2515 --
obs0.2515 761855 78.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.07 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.997 Å2-0 Å20 Å2
2---7.3301 Å20 Å2
3---0.3331 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→49.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4111 0 9 0 4120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005254640
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.015347880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.56991320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0736120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00746260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.45-3.48920.3334172360.333417236X-RAY DIFFRACTION54
3.4892-3.53020.3257189660.325718966X-RAY DIFFRACTION59
3.5302-3.57330.3257201900.325720190X-RAY DIFFRACTION63
3.5733-3.61850.3246207130.324620713X-RAY DIFFRACTION64
3.6185-3.66610.3098210180.309821018X-RAY DIFFRACTION65
3.6661-3.71630.3029213650.302921365X-RAY DIFFRACTION67
3.7163-3.76940.2928219610.292821961X-RAY DIFFRACTION68
3.7694-3.82560.2889224560.288922456X-RAY DIFFRACTION70
3.8256-3.88540.2881230840.288123084X-RAY DIFFRACTION72
3.8854-3.9490.2788233510.278823351X-RAY DIFFRACTION73
3.949-4.01710.279238860.27923886X-RAY DIFFRACTION74
4.0171-4.09010.2726246150.272624615X-RAY DIFFRACTION76
4.0901-4.16880.2685249250.268524925X-RAY DIFFRACTION77
4.1688-4.25380.264252300.26425230X-RAY DIFFRACTION78
4.2538-4.34630.2481256680.248125668X-RAY DIFFRACTION80
4.3463-4.44730.234257630.23425763X-RAY DIFFRACTION80
4.4473-4.55840.2343266220.234326622X-RAY DIFFRACTION82
4.5584-4.68160.2294269450.229426945X-RAY DIFFRACTION84
4.6816-4.81930.2232272290.223227229X-RAY DIFFRACTION84
4.8193-4.97470.2233273780.223327378X-RAY DIFFRACTION85
4.9747-5.15230.2144278010.214427801X-RAY DIFFRACTION86
5.1523-5.35840.2206282850.220628285X-RAY DIFFRACTION88
5.3584-5.60190.2155288250.215528825X-RAY DIFFRACTION89
5.6019-5.89680.2155291710.215529171X-RAY DIFFRACTION90
5.8968-6.26560.2195295990.219529599X-RAY DIFFRACTION91
6.2656-6.74830.2248298950.224829895X-RAY DIFFRACTION92
6.7483-7.42550.238300920.23830092X-RAY DIFFRACTION92
7.4255-8.49540.2343299630.234329963X-RAY DIFFRACTION92
8.4954-10.68610.2181299610.218129961X-RAY DIFFRACTION91
10.6861-49.96420.2664296620.266429662X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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