PDB-3nt8: Crystal Structure of Na-ASP-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nt8

タイトル

Crystal Structure of Na-ASP-1

要素

Ancylostoma secreted protein 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / PATHOGENESIS RELATED-1 PROTEIN / CYSTEINE-RICH SECRETORY PROTEIN / CAP DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Necator americanus (あめりかこうちゅう)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Asojo, O.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure of a two-CAP-domain protein from the human hookworm parasite Necator americanus.
著者: Asojo, O.A.

履歴

登録	2010年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nt8.cif.gz	166 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nt8.ent.gz	131.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nt8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/3nt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/3nt8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u53S 1cfe 1smb 1xx5 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1rbm-d 4egv-3 2eqd-d 2ov2-11 4egv-6 4egv-1 2ov2-9 5c0y-2 5yps-1 2okc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ancylostoma secreted protein 1

B: Ancylostoma secreted protein 1

91.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ancylostoma secreted protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ancylostoma secreted protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.780, 74.570, 84.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ancylostoma secreted protein 1 分子量: 45784.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Necator americanus (あめりかこうちゅう) 株: NECATOR AMERICANUS / 遺伝子: asp1, Human hookworm 51031 / プラスミド: PPICZALPHANA-ASP-1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: O76744
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 3UL (7.5 MG/ML) PROTEIN AND 1.5UL RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 21% (W/V) PEG 6000 AND 200 MM, SODIUM CITRATE PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 277 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.957
1	1	-H, -K, H+L	2	0.043

反射

解像度: 2.15→30.8 Å / Num. obs: 37195 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_sym value: 0.115

反射シェル

解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U53

1u53

解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 6.185 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23747	1880	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1934	-	-	-
obs	0.19568	35298	86.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.318 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.11 Å²	0 Å²	0.5 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6038	0	0	388	6426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	6201
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.578	1.934	8413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.335	5	798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.939	25.221	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.508	15	984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.555	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	872
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	4792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.025	1.5	3945
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.773	2	6296
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.038	3	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.53	4.5	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.202 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.618	3	-
R_work	0.21	77	-
obs	-	-	2.53 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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