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- PDB-3nt6: Structure of the Shewanella loihica PV-4 NADH-dependent persulfid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nt6
タイトルStructure of the Shewanella loihica PV-4 NADH-dependent persulfide reductase C43S/C531S Double Mutant
要素FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD / CoA / rhodanese domain / persulfide reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain ...: / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella loihica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sazinsky, M.H. / Crane, E.J. / Warner, M.D. / Lukose, V. / Lee, K.H. / Lopez, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Characterization of an NADH-Dependent Persulfide Reductase from Shewanella loihica PV-4: Implications for the Mechanism of Sulfur Respiration via FAD-Dependent Enzymes .
著者: Warner, M.D. / Lukose, V. / Lee, K.H. / Lopez, K. / H Sazinsky, M. / Crane, E.J.
履歴
登録2010年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
B: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,4658
ポリマ－126,2882
非ポリマー3,1776
水9,890549
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13750 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area40920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.705, 133.705, 79.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase


分子量: 63144.070 Da / 分子数: 2 / 変異: C43S,C531S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shewanella loihica (バクテリア) / 株: ATCC BAA-1088 / PV-4 / 遺伝子: Shew_0729 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3QAV3, CoA-disulfide reductase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.01 %
結晶化温度: 298 K / pH: 4.7
詳細: 200 mM ammonium acetate, 50 mM sodium citrate, 5% PEG 4000, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.917
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月1日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.023
11-H, H+K, -L20.517
11-h,-k,l30.46
反射解像度: 2→115 Å / Num. obs: 101510 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ICR

3icr


解像度: 2→115 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 8.283 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.155 5143 4.8 %RANDOM
Rwork0.122 ---
obs0.124 101510 99.5 %-
all-101510 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.703 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.84 Å20 Å20 Å2
2---20.84 Å20 Å2
3---41.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→115 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8589 0 204 549 9342
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0228950
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6221.99212152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.63751128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.8324.422398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.682151486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0971562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2110.21371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0216727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5051.55587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4428943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.51633363
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2544.53209
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 331 -
Rwork0.171 7272 -
obs--95.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89250.9802-0.53871.2129-0.37481.5993-0.012-0.0141-0.01520.0552-0.0202-0.124-0.04980.12190.03220.19270.00820.00280.1903-0.01310.202754.2813-10.733238.7706
20.8455-0.10910.5580.1652-0.0250.5813-0.03190.0080.09450.0013-0.00050.0003-0.0893-0.01380.03250.188-0.00390.01090.1611-0.00120.183844.2844-1.52524.133
31.59410.5186-0.35581.4233-0.32021.1973-0.00540.05170.0918-0.034-0.0113-0.1015-0.10190.10990.01660.22430.0081-0.01150.2445-0.00840.203932.4005-10.32162.3193
40.9919-0.63050.55580.7963-0.56480.65490.09640.1728-0.0184-0.1431-0.07820.03180.10380.1143-0.01830.2025-0.00990.01050.1937-0.0130.197551.829-9.988514.3563
50.73440.1899-0.24130.99810.14890.52220.02050.0054-0.03330.0280.0018-0.12360.00090.0855-0.02240.17550.0081-0.00220.16520.01170.150734.6796-30.237717.4037
61.14890.17790.31771.41560.16041.2464-0.00720.22650.0182-0.24690.00730.0236-0.0357-0.0349-0.00010.20570.00360.00440.21280.00380.20319.164-39.4619-5.945
70.3172-0.0429-0.07910.45360.26660.5129-0.002-0.009-0.0240.0134-0.00780.08410.0273-0.0750.00990.1661-0.0002-0.00550.18010.00540.17795.7283-51.897719.0332
81.369-0.5110.56240.89140.55791.56060.0014-0.10880.00270.0734-0.01070.0665-0.0015-0.10130.00930.1708-0.00920.01120.16240.01260.1693-0.4556-34.7239.1289
92.19430.2916-0.71580.9376-0.33590.939-0.0004-0.1012-0.08740.1038-0.00440.12760.0743-0.10990.00470.20540.0048-0.01310.1833-0.0130.16658.3122-32.979550.9583
100.2359-0.2756-0.0710.58140.1970.1032-0.0346-0.0758-0.0340.08260.0316-0.02910.05390.05870.0030.1972-0.0022-0.00250.20240.00550.189715.8328-52.8732.8111
110.9978-0.03110.03950.8231-0.13220.688-0.0060.0444-0.1004-0.01380.0104-0.01990.07850.0054-0.00440.0091-0.00020.00040.0198-0.00030.011930.2778-33.008633.9073
121.3670.23680.23031.26550.4361.26760.0073-0.22870.03960.2007-0.00380.0298-0.0352-0.0312-0.00360.18010.00460.0030.17190.0130.177639.561-20.373855.6884
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2A37 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3A180 - 236
4X-RAY DIFFRACTION4A245 - 306
5X-RAY DIFFRACTION5A307 - 470
6X-RAY DIFFRACTION6A471 - 561
7X-RAY DIFFRACTION7B2 - 124
8X-RAY DIFFRACTION8B125 - 183
9X-RAY DIFFRACTION9B184 - 254
10X-RAY DIFFRACTION10B255 - 328
11X-RAY DIFFRACTION11B329 - 456
12X-RAY DIFFRACTION12B457 - 564

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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