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- PDB-3nt5: Crystal structure of myo-inositol dehydrogenase from Bacillus sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nt5
タイトルCrystal structure of myo-inositol dehydrogenase from Bacillus subtilis with bound cofactor and product inosose
要素Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / BSIDH / N-terminal Rossmann fold domain / glyceraldehyde-3-phosphate like C-terminal domain / NAD(H) / inositol / inosose
機能・相同性
機能・相同性情報


D-chiro-inositol 1-dehydrogenase / inositol 2-dehydrogenase / inositol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / inositol catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ISE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9006 Å
データ登録者Van Straaten, K.E. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2010
タイトル: Structural investigation of myo-inositol dehydrogenase from Bacillus subtilis: implications for catalytic mechanism and inositol dehydrogenase subfamily classification.
著者: van Straaten, K.E. / Zheng, H. / Palmer, D.R. / Sanders, D.A.
履歴
登録2010年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4746
ポリマ－76,7892
非ポリマー1,6854
水00
1
A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,94812
ポリマ－153,5784
非ポリマー3,3708
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_455-x-1/2,y,-z1
Buried area16700 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area50260 Å2
手法PISA
2
A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,42318
ポリマ－230,3676
非ポリマー5,05512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
Buried area17230 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area83220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.498, 183.498, 183.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A' and (resseq 1:40 ) and (not element H) and (not element D)A0
211chain 'B' and (resseq 1:40 ) and (not element H) and (not element D)B0
112chain 'A' and (resseq 48:74 ) and (not element H) and (not element D)A0
212chain 'B' and (resseq 48:74 ) and (not element H) and (not element D)B0
113chain 'A' and (resseq 76:117 ) and (not element H) and (not element D)A0
213chain 'B' and (resseq 76:117 ) and (not element H) and (not element D)B0
114chain 'A' and (resseq 120:337 ) and (not element H) and (not element D)A0
214chain 'B' and (resseq 120:337 ) and (not element H) and (not element D)B0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / Myo-inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / MI 2-dehydrogenase/DCI 3-dehydrogenase


分子量: 38394.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU39700, E83G, idh, iolG, NP_391849.2 / プラスミド: PHISTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P26935, inositol 2-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ISE / (2R,3S,4s,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexanone / Inosose / Myo-inosose


分子量: 178.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O6
#4: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH 5.4, 2.6M ammonium sulfate, microbatch, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月21日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→39.122 Å / Num. obs: 25421 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22.38 % / Biso Wilson estimate: 80 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 8.2 / Scaling rejects: 4878
反射 シェル

% possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2
2.8-2.922.80.9051.35808025401.17
2.9-3.0222.810.8691.65754925171.19
3.02-3.1522.760.7752.25727025081.21
3.15-3.3222.660.6053.15694725031.13
3.32-3.5322.510.464.35776825501.03
3.53-3.822.320.3215.85672825150.93
3.8-4.1822.160.1899.55747025510.8
4.18-4.7922.180.10914.35722225340.65
4.79-6.0322.170.10715.15751225560.6
6.03-39.1221.490.05225.45725226470.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9.8.0Lデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxDCデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MZ0 (apo-IDH)

3mz0


解像度: 2.9006→39.122 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7419 / SU ML: 0.44 / Isotropic thermal model: B group / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2912 1170 5.12 %RANDOM
Rwork0.2408 ---
obs0.2434 22866 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 79.123 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 236.35 Å2 / Biso mean: 111.7268 Å2 / Biso min: 43.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9006→39.122 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5280 0 112 0 5392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3357470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08844
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005950
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0762128
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A291X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
12B291X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
21A206X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.033
22B206X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.033
31A317X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
32B317X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
41A1737X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
42B1737X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.9006-3.03260.34181470.318526742821
3.0326-3.19240.33351400.327926902830
3.1924-3.39230.3591500.307826982848
3.3923-3.65410.36091420.307326902832
3.6541-4.02150.34491330.278827062839
4.0215-4.60260.25991620.225727112873
4.6026-5.79580.23711400.204827252865
5.7958-39.12540.26981560.200828022958

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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