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- PDB-3nt2: Crystal structure of myo-inositol dehydrogenase from Bacillus sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nt2
タイトルCrystal structure of myo-inositol dehydrogenase from Bacillus subtilis with bound cofactor
要素Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / BSIDH / N-terminal Rossmann fold domain / glyceraldehyde-3-phosphate like C-terminal domain / NAD / myo-inositol
機能・相同性
機能・相同性情報


D-chiro-inositol 1-dehydrogenase / inositol 2-dehydrogenase / inositol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / inositol catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3003 Å
データ登録者Van Straaten, K.E. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2010
タイトル: Structural investigation of myo-inositol dehydrogenase from Bacillus subtilis: implications for catalytic mechanism and inositol dehydrogenase subfamily classification.
著者: van Straaten, K.E. / Zheng, H. / Palmer, D.R. / Sanders, D.A.
履歴
登録2010年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1184
ポリマ－76,7892
非ポリマー1,3292
水2,234124
1
A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,2368
ポリマ－153,5784
非ポリマー2,6584
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555x,-y,-z+1/21
Buried area16720 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area51230 Å2
手法PISA
2
A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,35412
ポリマ－230,3676
非ポリマー3,9876
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area16740 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area85190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.368, 184.368, 184.368
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213

-
要素

#1: タンパク質 Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / Myo-inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / MI 2-dehydrogenase/DCI 3-dehydrogenase


分子量: 38394.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU39700, E83G, idh, iolG, NP_391849.2 / プラスミド: PHISTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P26935, inositol 2-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH 5.4, 2.6M ammonium sulfate, microbatch, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月21日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→22.04 Å / Num. obs: 45289 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.18 % / Biso Wilson estimate: 60.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 9.5 / Scaling rejects: 3827
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.388.010.7391.73689546021.01100
2.38-2.4810.890.6862.14959145481.01100
2.48-2.5911.920.6192.55438945551100
2.59-2.7311.920.493.35541146290.99100
2.73-2.911.930.3374.95518645970.97100
2.9-3.1211.930.2367.15537246040.93100
3.12-3.4311.920.13511.65519545990.85100
3.43-3.9311.950.10115.75552646170.82100
3.93-4.9411.290.0820.95282046270.9399.4
4.94-22.049.820.06527.33970439111.1282.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7Lデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxDCデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MZ0 (apo-IDH)

3mz0


解像度: 2.3003→22.036 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7192 / SU ML: 0.94 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2864 2325 5.14 %RANDOM
Rwork0.24 ---
all0.2424 ---
obs0.24 45235 98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 82.489 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 161.33 Å2 / Biso mean: 81.4768 Å2 / Biso min: 41.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3003→22.036 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5280 0 88 124 5492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045470
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7827434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057834
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3862080
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3003-2.34720.37991450.341625752720100
2.3472-2.39820.37811330.333925162649100
2.3982-2.45390.35191270.32325912718100
2.4539-2.51520.36531380.318125432681100
2.5152-2.58310.37391170.327525662683100
2.5831-2.6590.39541540.318525732727100
2.659-2.74460.39971260.314925692695100
2.7446-2.84250.42521480.308425272675100
2.8425-2.95610.34191550.306325752730100
2.9561-3.09030.30121360.276725512687100
3.0903-3.25270.34441430.281725682711100
3.2527-3.45580.29681410.248125412682100
3.4558-3.72140.30091380.227125892727100
3.7214-4.09380.25641280.20825942722100
4.0938-4.68120.2191570.18172529268699
4.6812-5.87920.21161440.16612587273199
5.8792-22.03720.2252950.19551916201171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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