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万見
- PDB-3ns5: Crystal structure of the RNA recognition motif of yeast eIF3b res... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ns5
タイトルCrystal structure of the RNA recognition motif of yeast eIF3b residues 76-161
要素Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
キーワードTRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / cytoplasmic translational initiation / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / cytoplasmic translational initiation / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / translational initiation / cytoplasmic stress granule / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Khoshnevis, S. / Neumann, P. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the RNA recognition motif of yeast translation initiation factor eIF3b reveals differences to human eIF3b.
著者: Khoshnevis, S. / Neumann, P. / Ficner, R.
履歴
登録2010年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
B: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9702
ポリマ－19,9702
非ポリマー00
水90150
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9851
ポリマ－9,9851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9851
ポリマ－9,9851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.280, 68.140, 81.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3b / Eukaryotic translation initiation factor 3 90 kDa subunit / eIF3 p90 / Translation ...eIF3b / Eukaryotic translation initiation factor 3 90 kDa subunit / eIF3 p90 / Translation initiation factor eIF3 p90 subunit / Cell cycle regulation and translation initiation protein


分子量: 9984.877 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 76-161 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC63, PRT1, YOR361C / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: P06103
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.85 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 33% PEG4000 and 0.1 M Na-citrate (pH 5.6) in a sitting drop plate at 20 degrees. 1uL of protein at the concentration of 17 mg/mL was mixed with 1 uL of reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5417 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→34.16 Å / Num. all: 5632 / Num. obs: 5632 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.59-2.734.20.322.432767710.3294.6
2.73-2.94.50.2952.633317410.29599.9
2.9-3.14.50.2193.532877290.21999.9
3.1-3.354.60.1475.130786740.147100
3.35-3.674.50.116.927816180.11100
3.67-4.14.50.089.325645720.08100
4.1-4.734.50.05612.822615030.056100
4.73-5.84.40.0641119594500.064100
5.8-8.24.20.05812.614873580.058100
8.2-34.073.70.03119.77952160.03198.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16data processing
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NS6

3ns6


解像度: 2.598→31.456 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7899 / SU ML: 0.62 / σ(F): 0.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2725 279 5 %
Rwork0.225 --
obs0.2274 5584 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 11.136 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 123.21 Å2 / Biso mean: 24.461 Å2 / Biso min: 3.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6301 Å20 Å2-0 Å2
2--3.8699 Å2-0 Å2
3----3.2398 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.598→31.456 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1392 0 0 50 1442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0011420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.481902
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.774540
LS精密化 シェル解像度: 2.5981→3.2728 Å / Total num. of bins used: 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3635 138 -
Rwork0.2796 2574 -
all-2712 -
obs--99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.405-0.65050.00881.0064-0.04640.3751-0.1612-0.0067-0.03590.20520.14430.03080.0427-0.06350.0910.0813-0.00940.00550.072-0.04550.04564.66782.382717.7549
20.4965-0.0954-0.00130.4492-0.19660.2057-0.09090.0838-0.0207-0.1474-0.0065-0.04110.03290.094-0.0470.05140.0462-0.01380.0072-0.0260.08080.88471.1908-2.8641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA72
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB72 - 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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