PDB-3ns2: High-resolution structure of pyrabactin-bound PYL2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ns2

タイトル

High-resolution structure of pyrabactin-bound PYL2

要素

Abscisic acid receptor PYL2

キーワード

HORMONE RECEPTOR / Abscisic acid / ABA receptor / PYL2 / pyrabactin

機能・相同性

機能・相同性情報

protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.634 Å

データ登録者

Hao, Q. / Yin, P. / Yan, C. / Yuan, X. / Wang, J. / Yan, N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Single amino acid alteration between Valine and Isoleucine determines the distinct pyrabactin selectivity by PYL1 and PYL2
著者: Yuan, X. / Yin, P. / Hao, Q. / Yan, C. / Wang, J. / Yan, N.

履歴

登録	2010年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ns2.cif.gz	234.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ns2.ent.gz	190.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ns2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ns2_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ns2_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	3ns2_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	3ns2_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/3ns2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/3ns2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nr4C 3kdhS 3nef 3neg S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nj0-2 3kaz-1 3nmh-2 3kaz-2 3nmh-1 4jdl-1 3gd0-d 3nj0-1 4ha5-1 5qd8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Abscisic acid receptor PYL2

B: Abscisic acid receptor PYL2

C: Abscisic acid receptor PYL2

ヘテロ分子

65.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Abscisic acid receptor PYL2

B: Abscisic acid receptor PYL2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Abscisic acid receptor PYL2

ヘテロ分子

C: Abscisic acid receptor PYL2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.52, 104.6, 184.3
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-245- HOH
2	1	C-270- HOH

#1: タンパク質	Abscisic acid receptor PYL2 / PYL2 / PYR1-like protein 2 / Regulatory components of ABA receptor 14 分子量: 21309.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O80992
#2: 化合物	ChemComp-PYV / 4-bromo-N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide / Pyrabactin / ピラバクチン分子量: 377.256 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₃BrN₂O₂S / コメント: ホルモン*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.81 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1M sodium citrate tribasic, 100mM Tris, pH8.5, 79mM MEGA-8 (Octanoyl-N-methylglucamide), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.2802 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月21日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2802 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6336→50 Å / Num. obs: 74791 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 27.16 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.068
反射シェル	解像度: 1.6336→1.7 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / Num. unique all: 7368 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KDH

3kdh

解像度: 1.634→46.375 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.8671 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2179	3814	5.1 %	thin shell
R_work	0.1959	70915	-	-
obs	0.197	74729	99.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.645 Å² / k_sol: 0.373 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.4 Å² / B_iso mean: 38.4566 Å² / B_iso min: 15.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4131 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.5371 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.124 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.634→46.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4267	0	66	336	4669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4469
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.076	6089
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.942	1643
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	702
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	782

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6336-1.6542	0.2711	306	0.2416	2223	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6542-1.676	0	0	0.232	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.676-1.699	0.2635	298	0.2184	2482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.699-1.7232	0	0	0.2075	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7232-1.749	0.2232	289	0.2026	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.749-1.7763	0	0	0.192	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7763-1.8054	0.2601	274	0.1968	2464	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8054-1.8366	0	0	0.1984	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8366-1.87	0.25	228	0.1901	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.9059	0	0	0.1907	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9059-1.9448	0.2261	221	0.1811	2502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9448-1.9871	0	0	0.1802	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9871-2.0333	0.2027	252	0.1728	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0333-2.0842	0.2075	205	0.1776	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0842-2.1405	0.2391	48	0.1835	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1405-2.2035	0.2103	220	0.184	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2035-2.2746	0	0	0.1811	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2746-2.3559	0.215	201	0.1789	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3559-2.4503	0.2346	221	0.2005	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4503-2.5618	0	0	0.2033	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5618-2.6968	0.2522	183	0.2173	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6968-2.8658	0.2641	171	0.2121	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8658-3.087	0.245	155	0.218	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.087-3.3976	0.209	155	0.1907	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3976-3.889	0.1726	128	0.1801	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
3.889-4.8989	0.167	120	0.16	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8989-46.3937	0.1948	139	0.2065	2793	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6359	0.5911	0.2538	2.3553	0.5462	1.6239	0.0145	0.0517	0.0435	0.0197	0.0483	0.0426	0.0139	0.0599	-0.058	0.2273	0.0015	0.0631	0.1437	0.0093	0.1908	0.0596	-1.781	20.8944
2	2.9871	-0.0483	-0.5413	1.4482	0.1581	1.6798	0.0324	-0.1177	-0.0469	0.1141	0.0242	-0.0522	-0.0374	0.1114	-0.052	0.1101	0.0187	-0.0257	0.1741	-0.0242	0.126	12.172	-25.0022	9.9082
3	2.1364	0.8524	-0.1328	2.2384	0.0626	1.7975	0.0578	-0.1665	0.008	0.0486	0.0386	-0.1763	0.0369	0.0624	-0.0624	0.2267	-0.0579	0.0527	0.2055	-0.0514	0.1814	-18.4738	-26.053	40.2776

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	8 - 188
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	8 - 186
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	8 - 188

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関連情報:EMDBヘッダ

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