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万見
- PDB-3nro: Crystal Structure of putative transcriptional factor Lmo1026 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nro
タイトルCrystal Structure of putative transcriptional factor Lmo1026 from Listeria monocytogenes (FRAGMENT 52-321), Northeast Structural Genomics Consortium Target LmR194
要素Lmo1026 protein
キーワードstructural genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性LCP protein / : / Cell envelope-related transcriptional attenuator domain / LytR_cpsA_psr family / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / membrane / Alpha Beta / Lmo1026 protein
機能・相同性情報
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target LmR194
著者: Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lmo1026 protein
B: Lmo1026 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5752
ポリマ－62,5752
非ポリマー00
水00
1
A: Lmo1026 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2881
ポリマ－31,2881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lmo1026 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2881
ポリマ－31,2881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Lmo1026 protein

B: Lmo1026 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5752
ポリマ－62,5752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area1580 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.236, 90.301, 118.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer,33.02 kD,91.5%

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要素

#1: タンパク質 Lmo1026 protein


分子量: 31287.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: lmo1026 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q8Y889
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.71 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: LI2SO4 0.2M, Peg-4K 30%, 0.1M Tris, pH 8.5, macrobatch under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 19967 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→29.66 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 526 4.8 %
Rwork0.234 --
obs0.235 10958 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.59 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2591 Å20 Å2-0 Å2
2--20.5087 Å20 Å2
3----19.2496 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3647 0 0 0 3647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093695
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2954979
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0931387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.902-3.19380.30841280.27342526X-RAY DIFFRACTION98
3.1938-3.65520.30631340.25012560X-RAY DIFFRACTION100
3.6552-4.60240.22291310.21632611X-RAY DIFFRACTION100
4.6024-29.6650.26171330.22452735X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.3386 Å / Origin y: 35.6744 Å / Origin z: 45.1144 Å
111213212223313233
T0.1885 Å2-0.0096 Å20.0059 Å2-0.1929 Å20.0073 Å2--0.1998 Å2
L0.2397 °2-0.3653 °2-0.3411 °2-0.3439 °20.2695 °2--0.2319 °2
S-0.0047 Å °0.0085 Å °0.0217 Å °0.0174 Å °-0.0159 Å °0.012 Å °0.051 Å °-0.0458 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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