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- PDB-3nrk: The crystal structure of the leptospiral hypothetical protein LIC12922 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nrk
タイトルThe crystal structure of the leptospiral hypothetical protein LIC12922
要素LIC12922
キーワードUNKNOWN FUNCTION / NC domain / parvulin domain / SurA homology / probable CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, LIC12922 family / Triger factor/SurA peptide-binding fold / Porin chaperone SurA, peptide-binding domain / PPIC-type PPIASE domain / Trigger factor/SurA domain superfamily / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / Roll / Orthogonal Bundle ...Putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, LIC12922 family / Triger factor/SurA peptide-binding fold / Porin chaperone SurA, peptide-binding domain / PPIC-type PPIASE domain / Trigger factor/SurA domain superfamily / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PpiC domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira interrogans serovar Copenhageni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Giuseppe, P.O. / Atzingen, M.V. / Nascimento, A.L.T.O. / Zanchin, N.I.T. / Guimaraes, B.G.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of the leptospiral hypothetical protein LIC12922 reveals homology with the periplasmic chaperone SurA.
著者: Giuseppe, P.O. / Von Atzingen, M. / Nascimento, A.L. / Zanchin, N.I. / Guimaraes, B.G.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIC12922


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8401
ポリマ－37,8401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: LIC12922

A: LIC12922

A: LIC12922


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5203
ポリマ－113,5203
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
Buried area6950 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area46750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.110, 137.110, 137.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 LIC12922


分子量: 37840.008 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 48-362 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Predicted signal peptide not included in the recombinant protein. N-terminal Histag added. The first 10 residues of the sequence correspond to part of the his-tag.
由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Copenhageni (バクテリア)
株: Copenhageni, Fiocruz L1-130 isolate / 遺伝子: LIC12922, LIC_12922 / プラスミド: pDEST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q72NB3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
15.6878.33
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 1 M ammonium phosphate, 0.2 M sodium chloride, 0.2 % low melting point agarose, Microseeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 85 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月28日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→35 Å / Num. all: 15918 / Num. obs: 15880 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 141.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique all: 1170 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
BUSTER2.9.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.1→33.25 Å / SU R Cruickshank DPI: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2175 794 5 %RANDOM
Rwork0.1993 ---
obs0.2001 15869 99.88 %-
all-15888 --
原子変位パラメータBiso mean: 141.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.266 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→33.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2438 0 0 0 2438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0124842
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.233692
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8732
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes672
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3625
X-RAY DIFFRACTIONt_it248420
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.75
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3425
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact29514
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3328 147 5.16 %
Rwork0.2767 2702 -
all0.2795 2849 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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