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万見
- PDB-3nrj: Crystal structure of probable yrbi family phosphatase from pseudo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nrj
タイトルCrystal structure of probable yrbi family phosphatase from pseudomonas syringae pv.phaseolica 1448a complexed with magnesium
要素PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PHOSPHATASE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / N-acylneuraminate cytidylyltransferase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / : / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Unknown ligand / 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Ramagopal, U. / Toro, R. / Freeman, J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Had Family Hydrolase from Pseudomonas Syringae Pv.Phaseolica 1448A
著者: Patskovsky, Y. / Ramagopal, U. / Toro, R. / Freeman, J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
B: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
C: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
D: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
E: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
F: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
G: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
H: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
I: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
J: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
K: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
L: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,97550
ポリマ－248,08312
非ポリマー1,89238
水14,322795
1
A: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
C: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
D: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
H: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,31316
ポリマ－82,6944
非ポリマー61912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10630 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area25780 Å2
手法PISA
2
B: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
J: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
K: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
L: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,31316
ポリマ－82,6944
非ポリマー61912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10500 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area25590 Å2
手法PISA
3
E: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
F: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
G: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
I: PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,34918
ポリマ－82,6944
非ポリマー65414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10920 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area26390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.302, 126.733, 106.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
PROBABLE YRBI FAMILY PHOSPHATASE


分子量: 20673.576 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (バクテリア)
株: 1448A / Race 6 / 遺伝子: PSPPH_4147 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q48EB9

-
非ポリマー , 5種, 833分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100MM TRIS-HCL, PH 7.0, 30% PEG 3K, 200MM SODIUM CHLORIDE, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月29日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→40 Å / Num. obs: 163907 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 32.512 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / % possible all: 71.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MN1

3mn1


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 5.318 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24038 4674 3 %RANDOM
Rwork0.17931 ---
obs0.18112 150181 97.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.477 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å23.29 Å2
2---4.8 Å20 Å2
3---5.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15822 0 89 795 16706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02216460
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1441.9822220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9852187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95923.503745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.923153028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.29415157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.22548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.798210373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.272316505
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.7636087
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.02765658
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 287 -
Rwork0.419 10075 -
obs--88.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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