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- PDB-3nrc: Crystal Structure of the Francisella tularensis enoyl-acyl carrie... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nrc
タイトルCrystal Structure of the Francisella tularensis enoyl-acyl carrier protein reductase (FabI) in complex with NAD+ and triclosan
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / enoyl-acyl carrier protein reductase / NADH binding
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / TRICLOSAN / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Mehboob, S. / Santarsiero, B.D. / Truong, K. / Johnson, M.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of the Francisella tularensis enoyl-acyl carrier protein reductase (FabI) in complex with NAD(+) and triclosan.
著者: Mehboob, S. / Truong, K. / Santarsiero, B.D. / Johnson, M.E.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32016年12月28日Group: Structure summary
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9196
ポリマ－60,0132
非ポリマー1,9064
水2,558142
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,83812
ポリマ－120,0264
非ポリマー3,8128
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area21880 Å2
ΔGint-217 kcal/mol
Surface area30050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.080, 85.120, 51.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)


分子量: 30006.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
株: Schu4 / 遺伝子: fabI, fabI gene, FTT_0782 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5NGQ3, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-TCL / TRICLOSAN / トリクロサン


分子量: 289.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H7Cl3O2 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M phosphate-citrate buffer pH4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月17日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→70 Å / Num. all: 36922 / Num. obs: 31040 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 16.03

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JJY

2jjy


解像度: 2.101→19.806 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.49 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.15 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 1560 5.04 %
Rwork0.1864 --
obs0.1892 30957 95.35 %
all-32243 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.597 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.0816 Å2-0 Å20 Å2
2---15.8273 Å20 Å2
3---30.9089 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→19.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3826 0 122 142 4090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0625456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0021458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.101-2.16870.3376570.30461418X-RAY DIFFRACTION50
2.1687-2.24610.29121380.25612745X-RAY DIFFRACTION100
2.2461-2.33590.28841380.21982747X-RAY DIFFRACTION100
2.3359-2.4420.26451430.2082756X-RAY DIFFRACTION100
2.442-2.57050.26831520.19122776X-RAY DIFFRACTION100
2.5705-2.73120.24531420.19292795X-RAY DIFFRACTION100
2.7312-2.94140.25641620.18652736X-RAY DIFFRACTION100
2.9414-3.23630.24571400.1912822X-RAY DIFFRACTION100
3.2363-3.70190.24411520.17182815X-RAY DIFFRACTION100
3.7019-4.6540.18671620.14892831X-RAY DIFFRACTION100
4.654-19.80680.22571740.17262956X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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