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- PDB-3nq4: 30mer structure of Lumazine synthase from Salmonella typhimurium LT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nq4
タイトル30mer structure of Lumazine synthase from Salmonella typhimurium LT2
要素6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
キーワードTRANSFERASE / 30mer / Icosahedral / Flavodoxin like fold / DMRL synthase / Riboflavin biosynthesis / Drug targe
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kumar, P. / Singh, M. / Karthikeyan, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Lumazine synthase from Salmonella typhimurium LT2
著者: Kumar, P. / Singh, M. / Karthikeyan, S.
履歴
登録2010年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年1月23日Group: Structure summary
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
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F: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
G: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
H: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
I: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
J: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
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L: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
M: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
N: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
O: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
P: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Q: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
R: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
S: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
T: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
U: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
V: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
W: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
X: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Y: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Z: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
1: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
2: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
3: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
4: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)484,50970
ポリマ－480,66730
非ポリマー3,84340
水00
1
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
F: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
G: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
H: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
I: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
J: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
K: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
L: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
M: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
N: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
O: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
P: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Q: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
R: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
S: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
T: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
U: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
V: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
W: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
X: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Y: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Z: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
1: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
2: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
3: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
4: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子

A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
F: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
G: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
H: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
I: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
J: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
K: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
L: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
M: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
N: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
O: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
P: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Q: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
R: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
S: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
T: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
U: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
V: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
W: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
X: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Y: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
Z: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
1: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
2: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
3: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
4: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)969,019140
ポリマ－961,33460
非ポリマー7,68580
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area234670 Å2
ΔGint-1148 kcal/mol
Surface area244220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.430, 157.490, 202.788
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
101
111
121
131
141
151
161
171
181
191
201
211
221
231
241
251
261
271
281
291
301

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 1:154 )
211chain B and (resseq 1:154 )
311chain C and (resseq 1:154 )
411chain D and (resseq 1:154 )
511chain E and (resseq 1:154 )
611chain F and (resseq 1:154 )
711chain G and (resseq 1:154 )
811chain H and (resseq 1:154 )
911chain I and (resseq 1:154 )
1011chain J and (resseq 1:154 )
1111chain K and (resseq 1:154 )
1211chain L and (resseq 1:154 )
1311chain M and (resseq 1:154 )
1411chain N and (resseq 1:154 )
1511chain O and (resseq 1:154 )
1611chain P and (resseq 1:154 )
1711chain Q and (resseq 1:154 )
1811chain R and (resseq 1:154 )
1911chain S and (resseq 1:154 )
2011chain T and (resseq 1:154 )
2111chain U and (resseq 1:154 )
2211chain V and (resseq 1:154 )
2311chain W and (resseq 1:154 )
2411chain X and (resseq 1:154 )
2511chain Y and (resseq 1:154 )
2611chain Z and (resseq 1:154 )
2711chain 1 and (resseq 1:154 )
2811chain 2 and (resseq 1:154 )
2911chain 3 and (resseq 1:154 )
3011chain 4 and (resseq 1:154 )

-
要素

#1: タンパク質 ...
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / DMRL synthase / Lumazine synthase / Riboflavin synthase beta chain


分子量: 16022.227 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: ribH, STM0417 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: P66038, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 1.6M Ammonium Sulfate, 100mM Tris buffer, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月10日 / 詳細: Osmic VariMax
放射モノクロメーター: Graphite polar / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→134.03 Å / Num. all: 45638 / Num. obs: 45638 / % possible obs: 66.5 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 72.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.258 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.392 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 7001 / % possible all: 70.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
CCP4モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MK3

3mk3


解像度: 3.5→78.745 Å / SU ML: 0.49 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2994 1139 2.5 %Random
Rwork0.2551 ---
obs0.2562 45631 66.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.488 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.0135 Å2-0 Å2-5.2719 Å2
2---27.6241 Å2-0 Å2
3----22.4199 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→78.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33062 0 200 0 33262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00833620
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94645848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.50311528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0585671
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035938
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
13C1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
14D1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
15E1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
16F1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
17G1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
18H1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
19I1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
110J1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
111K1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
112L1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
113M1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
114N1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
115O1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
116P1099X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
117Q1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
118R1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
119S1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
120T1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
121U1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
122V1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
123W1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
124X1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
125Y1099X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
126Z1102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
12711102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
12821102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
12931102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
13041102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.65930.33671620.25095846X-RAY DIFFRACTION70
3.6593-3.85220.38911220.29125834X-RAY DIFFRACTION69
3.8522-4.09360.33871620.2865706X-RAY DIFFRACTION68
4.0936-4.40960.26081380.23435704X-RAY DIFFRACTION68
4.4096-4.85330.25821450.21615567X-RAY DIFFRACTION66
4.8533-5.55540.24511440.24465460X-RAY DIFFRACTION65
5.5554-6.99860.311330.24825332X-RAY DIFFRACTION63
6.9986-78.76490.23361330.23145043X-RAY DIFFRACTION59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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