PDB-3nq2: Optimization of the in silico designed Kemp eliminase KE70 by com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nq2

タイトル

Optimization of the in silico designed Kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution R2 3/5G

要素

deoxyribose phosphate aldolase

キーワード

LYASE / TIM / Structural Genomics / Israel Structural Proteomics Center / ISPC

機能・相同性

Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / IMIDAZOLE

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Khersonsky, O. / Rothlisberge, D. / Wollacott, A.M. / Dym, O. / Baker, D. / Tawfik, D.S. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Optimization of the in-silico-designed kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution
著者: Khersonsky, O. / Rothlisberger, D. / Wollacott, A.M. / Murphy, P. / Dym, O. / Albeck, S. / Kiss, G. / Houk, K.N. / Baker, D. / Tawfik, D.S.

履歴

登録	2010年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nq2.cif.gz	104.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nq2.ent.gz	80.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nq2_validation.pdf.gz	442.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nq2_full_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示
XML形式データ	3nq2_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	3nq2_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/3nq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/3nq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3npuSC 3npvC 3npwC 3npxC 3nq8C 3nqvC 3nr0C 3q2dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z9h-1 6z9h-2 1p1x-1 3nqv-d 3npw-1 3npv-2 3npv-1 6z9i-1 3npx-1 6ufz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: deoxyribose phosphate aldolase

B: deoxyribose phosphate aldolase

ヘテロ分子

56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: deoxyribose phosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: deoxyribose phosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.008, 96.228, 71.274
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.88, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	deoxyribose phosphate aldolase 分子量: 28056.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE 分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THE WILD TYPE HAS BEEN ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THE WILD TYPE HAS BEEN DEPOSITED TO PDB, 3NPU AND 3NPV. THIS SEQUENCE IS ALA 2 INSERTION AND Y48F, V176E, A204V MUTANT.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: PCB pH5.0, PEG 1500, pH 5.5, Microbatch, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月5日 / 詳細: mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→50 Å / Num. all: 35683 / Num. obs: 34934 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / Num. unique all: 3420 / R_sym value: 0.282 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NPU

3npu

解像度: 2.02→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 4.2 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26019	1757	5 %	RANDOM
R_work	0.20521	-	-	-
obs	0.20806	33171	97.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.241 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	0 Å²	-0.4 Å²
2-	-	-0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3640	0	10	157	3807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3765
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.014	0.02	10
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.338	1.969	5103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.618	3	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.211	5	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.822	24.286	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.968	15	641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.889	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2780
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.505	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.293	0.2	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	189
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.065	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.856	1.5	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.304	2	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.326	3	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.648	4.5	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.017→2.069 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	113	-
R_work	0.246	2394	-
obs	-	-	94.78 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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