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万見
- PDB-3npm: Crystal Structure of the C47A/A241C disulfide-linked C6 Aspartate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3npm
タイトルCrystal Structure of the C47A/A241C disulfide-linked C6 Aspartate Transcarbamoylase enzyme
要素Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
キーワードTRANSFERASE / aspartate transcarbamoylase / disulfide bond / phosphate / catalysis / product release / cooperativity / allostery
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase complex / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold ...Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mendes, K.R. / Kantrowitz, E.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: A cooperative Escherichia coli aspartate transcarbamoylase without regulatory subunits .
著者: Mendes, K.R. / Kantrowitz, E.R.
履歴
登録2010年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5273
ポリマ－34,3371
非ポリマー1902
水3,999222
1
A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,16218
ポリマ－206,0236
非ポリマー1,14012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
crystal symmetry operation13_544y+1/4,x-1/4,-z-1/41
crystal symmetry operation18_554-x+3/4,z+1/4,y-1/41
crystal symmetry operation24_555-z+1/4,-y+1/4,-x+1/41
Buried area17400 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area62110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.780, 141.780, 141.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain


分子量: 34337.105 Da / 分子数: 1 / 変異: A48C; C242A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: pyrB, b4245, JW4204 / プラスミド: pEK613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EK1104 / 参照: UniProt: P0A786, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mg/mL of C47A/A241C c6 in 100 mM tris-acetate pH 8.3, in a 1:1 ratio (v/v), with reservoir. Crystallization buffer consisted of 40% PEG 1000, 100 mM NH4H2PO4, and 100 mM HEPES, VAPOR ...詳細: 10 mg/mL of C47A/A241C c6 in 100 mM tris-acetate pH 8.3, in a 1:1 ratio (v/v), with reservoir. Crystallization buffer consisted of 40% PEG 1000, 100 mM NH4H2PO4, and 100 mM HEPES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月27日 / 詳細: FIBER-OPTIC TAPER
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 28904 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22.8 % / Biso Wilson estimate: 38.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 43 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / Rsym value: 0.541 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D09

1d09


解像度: 2.1→42.75 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 1469 5.09 %
Rwork0.177 --
obs0.178 28888 99.9 %
all-28952 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.62 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.192 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2394 0 10 222 2626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062449
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9163324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.182888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004430
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1026-2.17770.2051510.16022672X-RAY DIFFRACTION100
2.1777-2.26490.23461360.18232677X-RAY DIFFRACTION100
2.2649-2.3680.18851550.16562697X-RAY DIFFRACTION100
2.368-2.49280.18671380.15932684X-RAY DIFFRACTION100
2.4928-2.6490.22221410.15582718X-RAY DIFFRACTION100
2.649-2.85350.18771610.15612707X-RAY DIFFRACTION100
2.8535-3.14050.17941420.16652731X-RAY DIFFRACTION100
3.1405-3.59480.19421460.16292758X-RAY DIFFRACTION100
3.5948-4.52830.17561390.1592804X-RAY DIFFRACTION100
4.5283-42.75710.23881600.22372971X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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