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万見
- PDB-3npf: Crystal structure of a putative dipeptidyl-peptidase VI (BACOVA_0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3npf
タイトルCrystal structure of a putative dipeptidyl-peptidase VI (BACOVA_00612) from Bacteroides ovatus at 1.72 A resolution
要素putative dipeptidyl-peptidase VI
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacterial dipeptidyl-peptidase SH3 domain / Bacterial dipeptidyl-peptidase Sh3 domain / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / SH3 Domains / Papain-like cysteine peptidase superfamily / SH3 type barrels. / Roll ...Bacterial dipeptidyl-peptidase SH3 domain / Bacterial dipeptidyl-peptidase Sh3 domain / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / SH3 Domains / Papain-like cysteine peptidase superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NlpC/P60 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative dipeptidyl-peptidase VI (BACOVA_00612) from Bacteroides ovatus at 1.72 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative dipeptidyl-peptidase VI
B: putative dipeptidyl-peptidase VI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,39415
ポリマ－70,3102
非ポリマー1,08413
水14,160786
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area23800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.136, 62.495, 156.809
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A32 - 326
2112B32 - 326

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要素

#1: タンパク質 putative dipeptidyl-peptidase VI


分子量: 35155.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 株: ATCC 8483 / 遺伝子: BACOVA_00612 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A7LS31
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 786 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 22-326) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 22-326) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15.000000000% Glycerol, 0.170000000M NaOAc, 25.500000000% PEG-4000, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97925
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月13日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→48.87 Å / Num. obs: 63712 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.96 % / Biso Wilson estimate: 16.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 11.06
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.72-1.780.7972.2392576138100
1.78-1.850.6232.9412516185100
1.85-1.940.4464.1454606720100
1.94-2.040.3225.7421106124100
2.04-2.170.2317.8448196416100
2.17-2.330.17810431296070100
2.33-2.570.15511.6470406510100
2.57-2.940.11815.1464176342100
2.94-3.70.07222.3468556446100
3.7-48.870.05727.446787676199.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.72→48.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 3.676 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.092
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. GLYCEROL (GOL) AND CHLORIDE (CL) MODELED ARE PRESENT IN CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS. 6. ACTIVE SITE RESIDUE CYS203 IS COVALENTLY MODIFIED. IT IS MODELED AS S-ACETONYLCYSTEINE (CSA) BASED ON DENSITY AND INTERACTION ENVIROMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1712 2823 4.4 %RANDOM
Rwork0.141 ---
obs0.1424 63635 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.14 Å2 / Biso mean: 18.5442 Å2 / Biso min: 5.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→48.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4779 0 68 786 5633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225113
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.956950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93538562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.365651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.51823.817241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.54815841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1711530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.36933071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.52731249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18654986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.73582042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.721111937
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1717TIGHT POSITIONAL0.140.1
2135MEDIUM POSITIONAL0.30.5
1717TIGHT THERMAL0.490.5
2135MEDIUM THERMAL0.651
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.236 4641 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26320.0094-0.02520.4445-0.20280.49630.0157-0.07660.02040.0869-0.02650.0303-0.06740.00670.01080.0299-0.00170.00550.0373-0.01860.017442.51732.932130.6412
20.26210.0005-0.02920.1871-0.03820.31450.00740.01560.0034-0.0053-0.01860.00260.0050.01390.01120.00160.0047-0.00290.0139-0.00910.00946.982421.83766.3875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 326
2X-RAY DIFFRACTION2B30 - 326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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