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- PDB-3npc: Crystal structure of JNK2 complexed with BIRB796 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3npc
タイトルCrystal structure of JNK2 complexed with BIRB796
要素Mitogen-activated protein kinase 9
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / DFG-out / Protein kinase / Transferase / ATP Binding / type II kinase inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to tricellular tight junction / JUN kinase activity / inflammatory response to wounding / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of podosome assembly / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade ...protein localization to tricellular tight junction / JUN kinase activity / inflammatory response to wounding / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of podosome assembly / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to cadmium ion / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / regulation of circadian rhythm / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / cellular response to reactive oxygen species / cellular senescence / rhythmic process / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of gene expression / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B96 / Mitogen-activated protein kinase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Kuglstatter, A. / Ghate, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: X-ray crystal structure of JNK2 complexed with the p38alpha inhibitor BIRB796: Insights into the rational design of DFG-out binding MAP kinase inhibitors.
著者: Kuglstatter, A. / Ghate, M. / Tsing, S. / Villasenor, A.G. / Shaw, D. / Barnett, J.W. / Browner, M.F.
履歴
登録2010年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 9
B: Mitogen-activated protein kinase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8484
ポリマ－83,7932
非ポリマー1,0552
水5,224290
1
A: Mitogen-activated protein kinase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4242
ポリマ－41,8961
非ポリマー5281
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4242
ポリマ－41,8961
非ポリマー5281
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Mitogen-activated protein kinase 9
ヘテロ分子

B: Mitogen-activated protein kinase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8484
ポリマ－83,7932
非ポリマー1,0552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area5380 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area30020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.170, 92.339, 112.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 9 / MAP kinase 9 / MAPK 9 / Stress-activated protein kinase JNK2 / c-Jun N-terminal kinase 2 / JNK-55


分子量: 41896.328 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-364 / 変異: D3K, C6V, S8N, Q14E, K203A, E204A, K250A, K251A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK9, JNK2, PRKM9 / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45984, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-B96 / 1-(5-TERT-BUTYL-2-P-TOLYL-2H-PYRAZOL-3-YL)-3-[4-(2-MORPHOLIN-4-YL-ETHOXY)-NAPHTHALEN-1-YL]-UREA / BIRB-796


分子量: 527.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H37N5O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 0.1M sodium chloride, 1.6M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 33595 / % possible obs: 99.9 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.569 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3E7O

3e7o


解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 6.99 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25431 1698 5.1 %RANDOM
Rwork0.21231 ---
obs0.21438 31845 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.521 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å20 Å2
2--1.57 Å20 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5762 0 78 290 6130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225984
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1571.9758125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6765711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73524.4275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.402151047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1461532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.22768
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.24106
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6121.53684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0425810
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32732662
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1334.52315
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.351→2.412 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 123 -
Rwork0.235 2279 -
obs--99.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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