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- PDB-3np6: The crystal structure of Berberine bound to DNA d(CGTACG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3np6
タイトルThe crystal structure of Berberine bound to DNA d(CGTACG)
要素5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
キーワードDNA / DRUG-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / B-DNA
機能・相同性BERBERINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Bazzicalupi, C. / Gratteri, P. / Bilia, A.R.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2011
タイトル: X-Ray diffraction analyses of the natural isoquinoline alkaloids Berberine and Sanguinarine complexed with double helix DNA d(CGTACG)
著者: Ferraroni, M. / Bazzicalupi, C. / Bilia, A.R. / Gratteri, P.
履歴
登録2010年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6136
ポリマ－7,2374
非ポリマー3762
水181
1
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6593
ポリマ－3,6182
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area2700 Å2
手法PISA
2
C: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9553
ポリマ－3,6182
非ポリマー3361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area2700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.370, 30.370, 118.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-BER / BERBERINE / ベルベリン


分子量: 336.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18NO4 / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: MPD, MgCl2, NaCl, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.914
11-h,-k,l20.086
反射解像度: 2.3→39.42 Å / Num. obs: 3159 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 43.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 29.04
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.3-2.40.3250.5584.875736546530.58499.8
2.4-2.60.1530.3849.117213101910190.396100
2.6-2.80.0850.2214.8142377387380.226100
2.8-2.90.060.17718.760472912910.181100
2.9-30.0490.13923.957612732730.142100
3-3.120.0380.10429.658912772770.106100
3.12-3.270.020.06541.460922782780.067100
3.27-3.440.0180.05946.158812722720.061100
3.44-3.650.0150.05451.358462632630.056100
3.65-3.940.0170.0652.361522772770.061100
3.94-4.330.0150.05655.260182852850.057100
4.33-4.960.0170.05655.455712592590.058100
4.96-6.250.0150.05756.457762722720.058100
6.25-100.0130.04961.845922112110.05100
10-150.010.04164.686338380.041100
15-39.420.010.036135119190.031100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å39.42 Å
Translation3.5 Å39.42 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrysalisProデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XCS

1xcs


解像度: 2.3→39.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / WRfactor Rfree: 0.2752 / WRfactor Rwork: 0.2204 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7005 / SU ML: 0.212 / SU R Cruickshank DPI: 0.0769 / SU Rfree: 0.0594 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3014 139 4.4 %RANDOM
Rwork0.2361 ---
obs0.2387 3153 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 36.44 Å2 / Biso mean: 18.1113 Å2 / Biso min: 2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 450 26 1 477
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.021531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8423813
X-RAY DIFFRACTIONCHIRAL-CENTER RESTRAINTS (A'*3)0.0910.287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02258
X-RAY DIFFRACTIONMAIN-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A'*2)0.1891.53
X-RAY DIFFRACTIONMAIN-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A'*2)0.35824
X-RAY DIFFRACTIONSIDE-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A'*2)1.4543528
X-RAY DIFFRACTIONSIDE-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A'*2)2.5474.5809
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 6 -
Rwork0.441 212 -
all-218 -
obs--99.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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