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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3not | ||||||
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タイトル | Light-induced intermediate structure L2 of P. aeruginosa bacteriophytochrome | ||||||
要素 | Bacteriophytochrome | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / intermediate structure / difference Fourier method / real space refinement | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / photoreceptor activity / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas Aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / difference Fourier Method / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, X. / Ren, Z. / Moffat, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2011 タイトル: Temperature-scan cryocrystallography reveals reaction intermediates in bacteriophytochrome. 著者: Yang, X. / Ren, Z. / Kuk, J. / Moffat, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3not.cif.gz | 109.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3not.ent.gz | 83.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3not.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3not_validation.pdf.gz | 757 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3not_full_validation.pdf.gz | 771.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3not_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3not_validation.cif.gz | 19.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/3not ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/3not | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56823.230 Da / 分子数: 1 断片: N-terminal photosensory core module, UNP residues 1-499 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas Aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: bphP, PA4117 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9HWR3, histidine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-BLA / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.7 詳細: 10mg/ml protein, 0.45M Ammonium phosphate, 0.1M Tris buffer, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月12日 / 詳細: C(111) | |||||||||
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 | |||||||||
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 148082 / Num. obs: 147934 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: difference Fourier Method 開始モデル: PDB ENTRY 3NHQ 解像度: 2.7→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 詳細: This cryo-trapped structure was determined based on difference Fourier method. The L1 (3NOP), L2(3NOT) and L3(3NOU) structures were refined jointly in real space against a set of (Flight- ...詳細: This cryo-trapped structure was determined based on difference Fourier method. The L1 (3NOP), L2(3NOT) and L3(3NOU) structures were refined jointly in real space against a set of (Flight-Fdark) difference maps representing mixtures of the L1, L2 and L3 structures in variable relative concentrations using software DynamiX. DynamiX is a collection of software tools for analyzing dynamic crystallographic data developed by Zhong Ren. Algorithms and methods are described in Ren, Z et al. Resolution of structural heterogeneity in dynamic and static crystallography. Manuscript in preparation.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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