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万見
- PDB-3nop: Light-induced intermediate structure L1 of Pseudomonas aeruginosa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nop
タイトルLight-induced intermediate structure L1 of Pseudomonas aeruginosa bacteriophytochrome
要素Bacteriophytochrome
キーワードSIGNALING PROTEIN / intermediate structure / chromophore binding pocket / difference Fourier method
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
PHY domain / : / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain ...PHY domain / : / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / difference Fourier Method / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yang, X. / Ren, Z. / Moffat, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Temperature-scan cryocrystallography reveals reaction intermediates in bacteriophytochrome.
著者: Yang, X. / Ren, Z. / Kuk, J. / Moffat, K.
履歴
登録2010年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4062
ポリマ－56,8231
非ポリマー5831
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.380, 162.979, 436.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.95018, -0.18163, -0.25332), (0.10224, 0.94933, -0.29717), (0.29446, 0.25647, 0.92061)49.36829, -15.39839, 34.53864
3generate(-0.60638, -0.18951, -0.77226), (-0.16908, -0.91825, 0.3581), (-0.77699, 0.34772, 0.52476)-2.77281, 16.08975, -3.4757
4generate(-0.8218, -0.23836, -0.51752), (-0.17992, -0.75325, 0.63264), (-0.54062, 0.61302, 0.57614)-56.34828, 32.87178, -30.58517
5generate(0.15383, 0.96949, -0.19088), (0.97132, -0.18382, -0.15084), (-0.18132, -0.1622, -0.96996)-88.86876, 121.50987, 77.39897
6generate(-0.27819, -0.88393, 0.37588), (-0.67277, -0.09999, -0.73307), (0.68556, -0.45681, -0.56686)-61.45194, 64.605, 113.99367
7generate(0.02487, 0.99475, 0.09932), (0.99438, -0.03484, 0.09999), (0.10292, 0.09627, -0.99002)-77.39406, 68.65884, 109.27385
8generate(-0.25693, -0.69027, 0.6764), (-0.86451, -0.14869, -0.48012), (0.43198, -0.70811, -0.55854)-49.73023, 8.51341, 136.80702

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 56823.230 Da / 分子数: 1
断片: N-terminal photosensory core module, UNP residues 1-499
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: bphP, PA4117 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9HWR3, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.7
詳細: 10mg/ml protein, 0.1M Tris HCl buffer, 0.45M ammonium phosphate, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月12日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 158473 / Num. obs: 131216 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.118

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
DynamiX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: difference Fourier Method
開始モデル: PDB ENTRY 3NHQ

3nhq


解像度: 2.8→50 Å / Num. reflection all: 15473 / Num. reflection obs: 131216 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.56 / 交差検証法: real space correlation coefficient / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: This cryo-trapped structure was determined based on difference Fourier method. The L1 (3NOP), L2(3NOT) and L3(3NOU) structures were refined jointly in real space against a set of (Flight- ...詳細: This cryo-trapped structure was determined based on difference Fourier method. The L1 (3NOP), L2(3NOT) and L3(3NOU) structures were refined jointly in real space against a set of (Flight-Fdark) difference maps representing mixtures of the L1, L2 and L3 structures in variable relative concentrations using software DynamiX. DynamiX is a collection of software tools for analyzing dynamic crystallographic data developed by Zhong Ren. Algorithms and methods are described in Ren, Z et al. Resolution of structural heterogeneity in dynamic and static crystallography. Manuscript in preparation.
原子変位パラメータBiso max: 167.38 Å2 / Biso min: 22.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3817 0 43 0 3860

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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