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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3noj | |||||||||
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タイトル | The structure of HMG/CHA aldolase from the protocatechuate degradation pathway of Pseudomonas putida | |||||||||
要素 | 4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase | |||||||||
キーワード | LYASE / class II aldolase / a-b-b-a sandwich / metalloprotein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase / 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase activity / oxaloacetate decarboxylase / oxaloacetate decarboxylase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å | |||||||||
データ登録者 | Kimber, M.S. / Wang, W. / Mazurkewich, S. / Seah, S.Y.K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structural and Kinetic Characterization of 4-Hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate/4-Carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate Aldolase, a Protocatechuate Degradation Enzyme Evolutionarily Convergent ...タイトル: Structural and Kinetic Characterization of 4-Hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate/4-Carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate Aldolase, a Protocatechuate Degradation Enzyme Evolutionarily Convergent with the HpaI and DmpG Pyruvate Aldolases. 著者: Wang, W. / Mazurkewich, S. / Kimber, M.S. / Seah, S.Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3noj.cif.gz | 112.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3noj.ent.gz | 89 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3noj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3noj_validation.pdf.gz | 448.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3noj_full_validation.pdf.gz | 449.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3noj_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3noj_validation.cif.gz | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/3noj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/3noj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1nxjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25476.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: F1 / 遺伝子: pput1361, Pput_1361 / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(lambda-DE3) 参照: UniProt: A5W059, 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-PYR / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 10% PEG 4000, 0.1 M Na acetate, 10 mM MgCl2, 5 mM pyruvate, 21 mg/ml protein, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月19日 詳細: DCM WITH CRYO-COOLED 1ST CRYSTAL SAGITTALLY BENT 2ND CRYSTAL FOLLOWED BY VERTICALLY FOCUSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→40 Å / Num. all: 27093 / Num. obs: 27093 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 89.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NXJ 解像度: 1.82→28.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 3.101 / SU ML: 0.051 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.182 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→28.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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