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- PDB-3noj: The structure of HMG/CHA aldolase from the protocatechuate degrad... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3noj | |||||||||
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Title | The structure of HMG/CHA aldolase from the protocatechuate degradation pathway of Pseudomonas putida | |||||||||
![]() | 4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase | |||||||||
![]() | LYASE / class II aldolase / a-b-b-a sandwich / metalloprotein | |||||||||
Function / homology | ![]() 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase / 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase activity / oxaloacetate decarboxylase / oxaloacetate decarboxylase activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kimber, M.S. / Wang, W. / Mazurkewich, S. / Seah, S.Y.K. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural and Kinetic Characterization of 4-Hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate/4-Carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate Aldolase, a Protocatechuate Degradation Enzyme Evolutionarily Convergent with the ...Title: Structural and Kinetic Characterization of 4-Hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate/4-Carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate Aldolase, a Protocatechuate Degradation Enzyme Evolutionarily Convergent with the HpaI and DmpG Pyruvate Aldolases. Authors: Wang, W. / Mazurkewich, S. / Kimber, M.S. / Seah, S.Y. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 89 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 448.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 449.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1nxjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25476.066 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A5W059, 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase | ||
---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-MG / | ||
#3: Chemical | ChemComp-PYR / | ||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.25 Å3/Da / Density % sol: 62.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 10% PEG 4000, 0.1 M Na acetate, 10 mM MgCl2, 5 mM pyruvate, 21 mg/ml protein, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Aug 19, 2009 Details: DCM WITH CRYO-COOLED 1ST CRYSTAL SAGITTALLY BENT 2ND CRYSTAL FOLLOWED BY VERTICALLY FOCUSING MIRROR |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.82→40 Å / Num. all: 27093 / Num. obs: 27093 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.7 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 12 |
Reflection shell | Resolution: 1.82→1.85 Å / Redundancy: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 89.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1NXJ Resolution: 1.82→28.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 3.101 / SU ML: 0.051 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.09 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.182 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.82→28.22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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