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- PDB-3nnr: Crystal structure of a TetR-family transcriptional regulator (Maq... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nnr
タイトルCrystal structure of a TetR-family transcriptional regulator (Maqu_3571) from MARINOBACTER AQUAEOLEI VT8 at 2.49 A resolution
要素Transcriptional regulator, TetR family
キーワードTRANSCRIPTION / TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacterial transcriptional repressor TetR / Bacterial transcriptional repressor / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Transcriptional regulator, TetR family
類似検索 - 構成要素
生物種Marinobacter aquaeolei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a TetR-family transcriptional regulator (Maqu_3571) from MARINOBACTER AQUAEOLEI VT8 at 2.49 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, TetR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0954
ポリマ－26,9031
非ポリマー1923
水25214
1
A: Transcriptional regulator, TetR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, TetR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1908
ポリマ－53,8062
非ポリマー3846
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.745, 58.745, 172.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGEST THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, TetR family


分子量: 26902.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinobacter aquaeolei (バクテリア)
株: ATCC 700491 / DSM 11845 / VT8 / 遺伝子: Maqu_3571 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A1U6M1
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS PROTEIN WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS PROTEIN WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.57 %
結晶化温度: 293 K / pH: 9.5
詳細: 0.2000M lithium sulfate, 1.0500M potassium sodium tartrate, 0.1M CHES pH 9.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97934,0.97922
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月14日 / 詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, TOROID FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979341
30.979221
反射解像度: 2.49→29.93 Å / Num. obs: 11338 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 68.12 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル最高解像度: 2.49 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 1.187 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0110精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALA3.3.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
autoSHARP位相決定
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.49→29.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU B: 20.893 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.265
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3.ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4.WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5.SULFATE (SO4) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION HAS BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 6.AN UNIDENTIFIED LIGAND (UNL) HAS BEEN MODELED AT A PUTATIVE FUNCTIONAL SITE BASED ON COMPARISON TO THE HOMOLOG STRUCTURE WITH PDB ID 3G1L.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 538 4.8 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.232 11278 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1687 0 18 14 1719
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221766
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6441.972403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2832920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6445209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.48423.40791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.33815306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1961514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.79231029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4013405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.28151671
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9848737
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.36611728
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.55 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 35 -
Rwork0.309 787 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.3488 Å / Origin y: -2.7976 Å / Origin z: 11.3117 Å
111213212223313233
T0.3022 Å20.0668 Å2-0.0824 Å2-0.4738 Å20.0932 Å2--0.0993 Å2
L4.4727 °22.7366 °2-0.8207 °2-4.3132 °2-1.0378 °2--2.1601 °2
S-0.2304 Å °-0.0233 Å °0.0627 Å °0.1709 Å °-0.073 Å °-0.3304 Å °-0.2514 Å °0.1878 Å °0.3033 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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