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万見
- PDB-3nn9: REFINED ATOMIC STRUCTURES OF N9 SUBTYPE INFLUENZA VIRUS NEURAMINI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nn9
タイトルREFINED ATOMIC STRUCTURES OF N9 SUBTYPE INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE AND ESCAPE MUTANTS
要素NEURAMINIDASE N9
キーワードHYDROLASE(O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / 6 Propeller / Neuraminidase / Sialidase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Baker, A.T. / Vandonkelaar, A. / Laver, W.G. / Webster, R.G. / Colman, P.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined atomic structures of N9 subtype influenza virus neuraminidase and escape mutants.
著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Baker, A.T. / van Donkelaar, A. / Laver, W.G. / Webster, R.G. / Colman, P.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Neuraminidase of Influenza Virus A(Slash)Tokyo(Slash)3(Slash)67 at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Varghese, J.N. / Colman, P.M.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1987
タイトル: Three Dimensional Structure of Neuraminidase of Subtype N9 from an Avian Influenza Virus
著者: Baker, A.T. / Varghese, J.N. / Laver, W.G. / Air, G.M. / Colman, P.M.
#3: ジャーナル: Virology / 年: 1985
タイトル: Gene and Protein Sequence of an Influenza Virus Neuraminidase with Hemagglutinin Activity
著者: Air, G.M. / Ritchie, L.R. / Laver, W.G. / Colman, P.M.
#4: ジャーナル: Virology / 年: 1984
タイトル: Influenza Virus Neuraminidase with Hemmagglutinin Activity
著者: Laver, W.G. / Colman, P.M. / Webster, R.G. / Hinshaw, V.S. / Air, G.M.
履歴
登録1991年3月28日処理サイト: BNL
改定 1.01992年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURAMINIDASE N9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4425
ポリマ－43,7251
非ポリマー1,7184
水1,60389
1
A: NEURAMINIDASE N9
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE N9
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE N9
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE N9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,76920
ポリマ－174,8994
非ポリマー6,87016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)185.100, 185.100, 185.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Atom site foot note1: RESIDUES 326 AND 431 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 NEURAMINIDASE N9


分子量: 43724.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: P03472, exo-alpha-sialidase
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.7 Mpotassium phosphate1drop
210 mg/mlprotein1drop
31.9 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 17915 / % possible obs: 68.6 % / Num. measured all: 104979 / Rmerge(I) obs: 0.121

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.3→6 Å / Rfactor Rwork: 0.178
詳細: SIDE CHAINS AND/OR WHOLE RESIDUES WERE OMITTED FROM THE CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT BY ASSIGNING THEM OCCUPANCIES OF 0.02. BECAUSE AN ERROR IN THE REGISTRATION OF THE NEURAMINIDASE C-TERMINAL ...詳細: SIDE CHAINS AND/OR WHOLE RESIDUES WERE OMITTED FROM THE CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT BY ASSIGNING THEM OCCUPANCIES OF 0.02. BECAUSE AN ERROR IN THE REGISTRATION OF THE NEURAMINIDASE C-TERMINAL SEGMENT WAS DISCOVERED LATE IN THE REFINEMENT PROCESS, THE COORDINATES OF RESIDUES 458 - 468 IN THIS MUTANT WERE TAKEN DIRECTLY FROM THE REFINED COORDINATES OF S370L. THE OCCUPANCY AND B VALUE OF THE CALCIUM ION ARE TENTATIVE AND REQUIRE HIGH RESOLUTION DATA REFINEMENT. THE CALCIUM WAS REFINED AS A NON-BONDED ION. THE FIVE LIGANDS ARE O ASP 293, O GLY 297, OD2 ASP 324, O ASN 347, AND HOH 8. THEY ARE IN OCTAHEDRAL GEOMETRY (NO RESTRAINTS WERE IMPOSED) AND THE SIXTH LIGAND (PRESUMABLY ANOTHER WATER MOLECULE) IS NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3067 0 112 89 3268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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