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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nn6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of inhibitor-bound in active centre 6-hydroxy-L-nicotine oxidase from Arthrobacter nicotinovorans | ||||||
![]() | 6-hydroxy-L-nicotine oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / ENANTIOMERIC SUBSTRATE- INHIBITOR / FLAVOENZYMES / NICOTINE DEGRADATION / FAD-binding fold / amino oxidase / FAD binding / cytosol / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() (S)-6-hydroxynicotine oxidase / (S)-6-hydroxynicotine oxidase activity / nicotine catabolic process / alkaloid metabolic process / nucleotide binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kachalova, G.S. / Bartunik, H.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure analysis of free and substrate-bound 6-hydroxy-L-nicotine oxidase from Arthrobacter nicotinovorans. 著者: Kachalova, G.S. / Bourenkov, G.P. / Mengesdorf, T. / Schenk, S. / Maun, H.R. / Burghammer, M. / Riekel, C. / Decker, K. / Bartunik, H.D. #1: ![]() タイトル: Crystal structure analysis of free and substrate-bound 6-hydroxy-L-nicotine from Arthrobacter nicotinovorans 著者: Kachalova, G.S. / Bourenkov, G.P. / Mengesdorf, T. / Schenk, S. / Maun, H.R. / Burghammer, M. / Riekel, C. / Decker, K. / Bartunik, H.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 953.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 971.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47214.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: 6-HLNO / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HNK / |
#3: 化合物 | ChemComp-FB0 / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-GP7 / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20mM Sodium phosphate; 4M sodium formiate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月17日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→20 Å / Num. all: 39391 / Num. obs: 39330 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.23 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1909 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB 3K7M 解像度: 2.19→14.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.016 / SU ML: 0.102 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.743 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→14.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.19→2.246 Å / Total num. of bins used: 20
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