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- PDB-3nmv: Crystal structure of pyrabactin-bound abscisic acid receptor PYL2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nmv
タイトルCrystal structure of pyrabactin-bound abscisic acid receptor PYL2 mutant A93F in complex with type 2C protein phosphatase ABI2
要素
  • Abscisic acid receptor PYL2
  • Protein phosphatase 2C 77
キーワードPROTEIN BINDING / PYL2 / Pyrabactin / Abscisic acid receptor / helix-grip fold / type 2C protein phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


photoinhibition / regulation of stomatal opening / protein phosphatase inhibitor complex / response to abscisic acid / response to water deprivation / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / response to osmotic stress / protein phosphatase inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity ...photoinhibition / regulation of stomatal opening / protein phosphatase inhibitor complex / response to abscisic acid / response to water deprivation / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / response to osmotic stress / protein phosphatase inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of protein kinase activity / signaling receptor activity / response to heat / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. ...PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PYV / Protein phosphatase 2C 77 / Abscisic acid receptor PYL2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhou, X.E. / Melcher, K. / Ng, L.-M. / Soon, F.-F. / Xu, Y. / Suino-Powell, K.M. / Kovach, A. / Li, J. / Yong, E.-L. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Identification and mechanism of ABA receptor antagonism.
著者: Melcher, K. / Xu, Y. / Ng, L.M. / Zhou, X.E. / Soon, F.F. / Chinnusamy, V. / Suino-Powell, K.M. / Kovach, A. / Tham, F.S. / Cutler, S.R. / Li, J. / Yong, E.L. / Zhu, J.K. / Xu, H.E.
履歴
登録2010年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYL2
B: Protein phosphatase 2C 77
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3316
ポリマ－55,8812
非ポリマー4504
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.129, 97.587, 134.505
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYL2 / PYR1-like protein 2 / Regulatory components of ABA receptor 14


分子量: 20096.600 Da / 分子数: 1 / 変異: A93F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PYL2, RCAR14, At2g26040, T19L18.15 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O80992
#2: タンパク質 Protein phosphatase 2C 77 / AtPP2C77 / Protein phosphatase 2C ABI2 / PP2C ABI2 / Protein ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 2


分子量: 35783.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ABI2, At5g57050, MHM17.19 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O04719, protein-serine/threonine phosphatase
#3: 化合物 ChemComp-PYV / 4-bromo-N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide / Pyrabactin / ピラバクチン


分子量: 377.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13BrN2O2S / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 10% PEG 8000, 10% sucrose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 44745 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 32.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3NMT

3nmt


解像度: 2.1→29.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 8.592 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22281 3471 7.2 %RANDOM
Rwork0.19341 ---
all0.19553 ---
obs0.19553 41807 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.284 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.61 Å20 Å20 Å2
2--5.53 Å20 Å2
3----2.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3574 0 25 171 3770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0223670
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.951.9624971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0736113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7545452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.07123.576165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.00715631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8421529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214055
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.081.52269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7531.5917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.49723685
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.73631401
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1114.51286
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.55936184
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.2155174
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.75856110
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 256 -
Rwork0.237 3199 -
obs--98.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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