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万見
- PDB-3nmp: Crystal structure of the abscisic receptor PYL2 mutant A93F in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nmp
タイトルCrystal structure of the abscisic receptor PYL2 mutant A93F in complex with pyrabactin
要素Abscisic acid receptor PYL2
キーワードhormone binding protein / PYL2 / Pyrabactin / Plant hormone receptor / helix-grip fold
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PYV / Abscisic acid receptor PYL2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhou, X.E. / Melcher, K. / Ng, L.-M. / Soon, F.-F. / Xu, Y. / Suino-Powell, K.M. / Kovach, A. / Li, J. / Yong, E.-L. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Identification and mechanism of ABA receptor antagonism.
著者: Melcher, K. / Xu, Y. / Ng, L.M. / Zhou, X.E. / Soon, F.F. / Chinnusamy, V. / Suino-Powell, K.M. / Kovach, A. / Tham, F.S. / Cutler, S.R. / Li, J. / Yong, E.L. / Zhu, J.K. / Xu, H.E.
履歴
登録2010年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYL2
B: Abscisic acid receptor PYL2
C: Abscisic acid receptor PYL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4226
ポリマ－60,2903
非ポリマー1,1323
水4,017223
1
A: Abscisic acid receptor PYL2
B: Abscisic acid receptor PYL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9484
ポリマ－40,1932
非ポリマー7552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17670 Å2
手法PISA
2
C: Abscisic acid receptor PYL2
ヘテロ分子

C: Abscisic acid receptor PYL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9484
ポリマ－40,1932
非ポリマー7552
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_354-x-2,y,-z-1/21
Buried area1850 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.084, 105.571, 182.901
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYL2 / PYR1-like protein 2 / Regulatory components of ABA receptor 14


分子量: 20096.600 Da / 分子数: 3 / 変異: A93F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PYL2, RCAR14, At2g26040, T19L18.15 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O80992
#2: 化合物 ChemComp-PYV / 4-bromo-N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide / Pyrabactin / ピラバクチン


分子量: 377.256 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13BrN2O2S / コメント: ホルモン*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 2M ammonium acetate, 22% PEG 3350, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 32811 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 27.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3NMH

3nmh


解像度: 2.1→29.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 13.504 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26634 2526 7.1 %RANDOM
Rwork0.23355 ---
obs0.23583 30793 99.72 %-
all-35374 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.552 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4203 0 66 223 4492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.9735928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90737179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3825525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.02923.731201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.06315741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5421533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2121.52637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1871.51053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.79124335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.63131725
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1394.51593
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.55337311
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free15.2565223
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.57557218
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 178 -
Rwork0.279 2304 -
obs--97.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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