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- PDB-3nmj: Crystal structure of a nickel mediated dimer for the phenanthroli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nmj
タイトルCrystal structure of a nickel mediated dimer for the phenanthroline-modified cytochrome cb562 variant, MBP-Phen2
要素Soluble cytochrome b562
キーワードELECTRON TRANSPORT / 4-helix-bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NICKEL (II) ION / N-1,10-phenanthrolin-5-ylacetamide / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Radford, R.J. / Tezcan, F.A.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2011
タイトル: Porous protein frameworks with unsaturated metal centers in sterically encumbered coordination sites.
著者: Radford, R.J. / Lawrenz, M. / Nguyen, P.C. / McCammon, J.A. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2010年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,38014
ポリマ－45,8484
非ポリマー3,53210
水724
1
A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3163
ポリマ－11,4621
非ポリマー8542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3744
ポリマ－11,4621
非ポリマー9123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3744
ポリマ－11,4621
非ポリマー9123
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3163
ポリマ－11,4621
非ポリマー8542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.291, 99.291, 109.317
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 106
2111B1 - 106
3111C1 - 106
4111D1 - 106

-
要素

#1: タンパク質
Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11461.927 Da / 分子数: 4 / 変異: W59C, R62A, H63A, D66A, R98C, Y101C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-PXX / N-1,10-phenanthrolin-5-ylacetamide / N-(1,10-フェナントロリン-5-イル)アセトアミド


分子量: 237.257 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11N3O
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 400, 0.1 M Tris, 0.2 ammonium sulfate, 6.2 mM nickel sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月24日
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→85.99 Å / Num. all: 11200 / Num. obs: 11200 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 9.9 % / Rsym value: 0.178 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.1-3.279.80.4331.41585016100.433100
3.27-3.479.80.3591.61521615480.359100
3.47-3.719.80.2841.91427314500.284100
3.71-4100.2382.31353213590.238100
4-4.38100.2172.41230412260.217100
4.38-4.910.10.1782.61142911320.178100
4.9-5.6610.10.1583.1100529960.158100
5.66-6.93100.1253.884148380.125100
6.93-9.89.80.065864936650.065100
9.8-85.9899.30.0528.835083760.05299.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 34.81 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.1 Å85.99 Å
Translation3.1 Å85.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→85.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.2737 / WRfactor Rwork: 0.2364 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.833 / SU B: 16.666 / SU ML: 0.298 / SU Rfree: 0.435 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.435 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2382 776 6.9 %RANDOM
Rwork0.1932 ---
all0.1963 11170 --
obs0.1963 11169 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.1 Å2 / Biso mean: 53.6081 Å2 / Biso min: 14.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→85.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3187 0 246 4 3437
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7422.1634777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5695419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg47.95927.838148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.7715608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.389158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.981.52119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.03423361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.51731404
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8014.51416
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 793 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ATIGHT POSITIONAL0.10.05
2BTIGHT POSITIONAL0.10.05
3CTIGHT POSITIONAL0.10.05
4DTIGHT POSITIONAL0.10.05
1ATIGHT THERMAL0.250.5
2BTIGHT THERMAL0.240.5
3CTIGHT THERMAL0.250.5
4DTIGHT THERMAL0.250.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.181 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 49 -
Rwork0.244 770 -
all-819 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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