PDB-3nme: Structure of a plant phosphatase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nme

タイトル

Structure of a plant phosphatase

要素

SEX4 glucan phosphatase

キーワード

HYDROLASE / Phosphatase / dual specificity phosphatase / Carbohydrate binding

機能・相同性

機能・相同性情報

: / amylopectin binding / carbohydrate phosphatase activity / starch metabolic process / starch catabolic process / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / starch binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / chloroplast stroma / polysaccharide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Vander Kooi, C.W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the glucan phosphatase activity of Starch Excess4.
著者: Vander Kooi, C.W. / Taylor, A.O. / Pace, R.M. / Meekins, D.A. / Guo, H.F. / Kim, Y. / Gentry, M.S.

履歴

登録	2010年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nme.cif.gz	243.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nme.ent.gz	199.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nme.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nme_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nme_full_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示
XML形式データ	3nme_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	3nme_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/3nme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/3nme	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6lpi-2 5xn7-2 5haf-d 4an4-2 1oj6-d 4a15-d 5u8o-1 6gr2-4 6gr2-3 4c5o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (7) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (3) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: SEX4 glucan phosphatase

B: SEX4 glucan phosphatase

ヘテロ分子

67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.408, 73.943, 162.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SEX4 glucan phosphatase / PTPKIS1 protein 分子量: 33782.531 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 90-379 / 変異: C198S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At3g52180 / プラスミド: pet28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q944A8, UniProt: Q9FEB5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.4 M lithium citrate, 24% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月9日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 26875 / Num. obs: 26660 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 18.353 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24959	2000	7.5 %	RANDOM
R_work	0.19854	-	-	-
obs	0.20234	24660	100 %	-
all	-	26660	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.418 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4638	0	10	196	4844

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	4744
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.99	1.971	6408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.794	5	577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.893	23.636	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.963	15	857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.414	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	3564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.225	1.5	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.456	2	4643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.879	3	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.369	4.5	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.404→2.465 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	122	-
R_work	0.227	1502	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2043	-0.0316	-0.3888	4.2567	0.2715	4.9668	0.1552	0.0918	0.2501	-0.3628	-0.0735	-0.2478	-0.1992	0.5011	-0.0817	0.0581	0.0051	0.08	0.2195	0.0161	0.1437	4.557	52.201	101.235
2	1.222	0.4254	-0.9437	2.633	0.0567	3.3782	-0.0626	-0.0035	-0.149	-0.1535	0.0459	-0.0116	0.2594	0.1317	0.0167	0.0357	0.018	-0.0054	0.2067	-0.0201	0.1779	-3.483	43.192	110.778
3	3.815	0.0457	1.6051	0.3412	-0.4338	1.7626	-0.0082	0.033	0.2293	0.0018	-0.015	-0.0077	-0.1156	0.0788	0.0231	0.0692	-0.0109	0.0078	0.1222	-0.021	0.2323	9.968	40.011	131.328
4	5.9826	-0.4338	1.7944	2.0409	-0.6549	2.66	0.0423	0.0962	-0.0908	0.0703	-0.015	-0.1762	-0.0149	-0.0004	-0.0273	0.0997	-0.0264	0.0196	0.1114	0.0026	0.17	15.57	35.567	134.423
5	1.6553	-1.051	-0.688	2.0039	0.731	0.1869	0.0629	0.1124	0.1274	-0.1787	-0.028	0.0972	-0.0725	-0.0827	-0.0349	0.1272	0.007	-0.021	0.3103	0.0058	0.2315	2.226	31.799	128.964
6	2.5611	-0.2999	-1.0506	9.4506	0.3116	1.3639	0.0896	-0.0285	-0.3455	0.5444	-0.4392	0.5069	0.3758	-0.2049	0.3496	0.2015	-0.0652	0.0756	0.2484	-0.0033	0.1814	-13.629	43.024	120.796
7	2.5076	0.0737	-0.0215	2.5715	-0.3908	3.1528	0.0269	-0.0396	0.2618	0.0726	-0.0398	-0.357	-0.2265	0.4137	0.0129	0.0184	-0.0281	-0.0137	0.2306	-0.022	0.2034	27.06	24.563	111.505
8	1.8981	0.2888	0.2993	0.8398	0.4148	2.5962	-0.0229	0.0532	0.007	-0.0701	-0.014	0.1479	-0.0907	-0.0076	0.0369	0.0849	0.0132	-0.0035	0.2	0.0163	0.1778	16.215	18.015	103.522
9	0.5589	0.7568	-0.1497	6.474	-3.8477	3.8814	-0.0497	0.0547	-0.0378	-0.0908	-0.0109	-0.4454	-0.1325	0.0894	0.0606	0.0763	0.026	-0.0105	0.1952	-0.0416	0.1477	15.67	31.231	83.092
10	2.2592	1.563	-0.4232	4.9992	-2.1237	6.6286	0.0524	-0.2029	0.179	0.3994	0.0688	-0.0332	-0.4353	-0.0882	-0.1212	0.1153	0.0496	-0.028	0.1653	-0.041	0.0657	12.137	37.318	80.527
11	1.5166	0.1982	-1.9923	12.9188	-1.4724	2.5786	0.009	0.2844	-0.0753	-1.0264	0.1242	0.5033	0.2133	-0.4515	-0.1332	0.1507	0.0204	-0.1851	0.3659	0.0409	0.3028	4.681	20.84	87.322
12	30.5626	3.6357	4.383	4.7977	0.4254	7.5562	-0.606	0.9798	-1.1358	-0.4673	0.4982	-0.3112	0.3609	0.1724	0.1078	0.1586	0.0321	0.0339	0.1299	-0.0334	0.1392	19.008	5.496	95.624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	90 - 166
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	167 - 240
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	241 - 285
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	286 - 321
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	322 - 347
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	348 - 378
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	90 - 166
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	167 - 235
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	236 - 288
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	289 - 323
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	324 - 359
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	360 - 378

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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