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- PDB-3nm1: The Crystal Structure of Candida glabrata THI6, a Bifunctional En... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nm1
タイトルThe Crystal Structure of Candida glabrata THI6, a Bifunctional Enzyme involved in Thiamin Biosyhthesis of Eukaryotes
要素Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
キーワードTRANSFERASE / THI6 / Bifunctional Enzyme / Thiamin Biosynthesis / Eukaryoyes
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxyethylthiazole kinase activity / thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiamine phosphate synthase / Hydroxyethylthiazole kinase / Hydroxyethylthiazole kinase family / Thiamine phosphate synthase/TenI / Thiamine monophosphate synthase / Thiamin phosphate synthase superfamily / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Aldolase class I ...Thiamine phosphate synthase / Hydroxyethylthiazole kinase / Hydroxyethylthiazole kinase family / Thiamine phosphate synthase/TenI / Thiamine monophosphate synthase / Thiamin phosphate synthase superfamily / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3NM / Chem-IFP / PYROPHOSPHATE 2- / Candida glabrata strain CBS138 chromosome E complete sequence
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.211 Å
データ登録者Paul, D. / Chatterjee, A. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Domain Organization in Candida glabrata THI6, a Bifunctional Enzyme Required for Thiamin Biosynthesis in Eukaryotes .
著者: Paul, D. / Chatterjee, A. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2010年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年5月29日Group: Other
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
B: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
C: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
D: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
E: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
F: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,51930
ポリマ－348,6636
非ポリマー3,85524
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22220 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area107060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.938, 154.212, 148.704
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLYGLYchain A and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...AA2 - 1062 - 106
12METMETPROPROchain A and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...AA109 - 129109 - 129
13VALVALSERSERchain A and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...AA132 - 242132 - 242
14SERSERLEULEUchain A and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...AA246 - 379246 - 379
15SERSERSERSERchain A and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...AA394 - 434394 - 434
16THRTHRILEILEchain A and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...AA437 - 455437 - 455
17GLYGLYTHRTHRchain A and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...AA465 - 540465 - 540
21LYSLYSGLYGLYchain B and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...BB2 - 1062 - 106
22METMETPROPROchain B and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...BB109 - 129109 - 129
23VALVALSERSERchain B and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...BB132 - 242132 - 242
24SERSERLEULEUchain B and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...BB246 - 379246 - 379
25SERSERSERSERchain B and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...BB394 - 434394 - 434
26THRTHRILEILEchain B and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...BB437 - 455437 - 455
27GLYGLYTHRTHRchain B and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...BB465 - 540465 - 540
31LYSLYSGLYGLYchain C and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...CC2 - 1062 - 106
32METMETPROPROchain C and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...CC109 - 129109 - 129
33VALVALSERSERchain C and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...CC132 - 242132 - 242
34SERSERLEULEUchain C and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...CC246 - 379246 - 379
35SERSERSERSERchain C and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...CC394 - 434394 - 434
36THRTHRILEILEchain C and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...CC437 - 455437 - 455
37GLYGLYTHRTHRchain C and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...CC465 - 540465 - 540
41LYSLYSGLYGLYchain D and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...DD2 - 1062 - 106
42METMETPROPROchain D and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...DD109 - 129109 - 129
43VALVALSERSERchain D and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...DD132 - 242132 - 242
44SERSERLEULEUchain D and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...DD246 - 379246 - 379
45SERSERSERSERchain D and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...DD394 - 434394 - 434
46THRTHRILEILEchain D and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...DD437 - 455437 - 455
47GLYGLYTHRTHRchain D and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...DD465 - 540465 - 540
51LYSLYSGLYGLYchain E and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...EE2 - 1062 - 106
52METMETPROPROchain E and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...EE109 - 129109 - 129
53VALVALSERSERchain E and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...EE132 - 242132 - 242
54SERSERLEULEUchain E and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...EE246 - 379246 - 379
55SERSERSERSERchain E and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...EE394 - 434394 - 434
56THRTHRILEILEchain E and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...EE437 - 455437 - 455
57GLYGLYTHRTHRchain E and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...EE465 - 540465 - 540
61LYSLYSGLYGLYchain F and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...FF2 - 1062 - 106
62METMETPROPROchain F and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...FF109 - 129109 - 129
63VALVALSERSERchain F and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...FF132 - 242132 - 242
64SERSERLEULEUchain F and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...FF246 - 379246 - 379
65SERSERSERSERchain F and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...FF394 - 434394 - 434
66THRTHRILEILEchain F and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...FF437 - 455437 - 455
67GLYGLYTHRTHRchain F and (resseq 2:106 or resseq 109:129 or resseq...FF465 - 540465 - 540

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要素

#1: タンパク質
Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme


分子量: 58110.582 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0E05808g, THI6 / プラスミド: THT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3)
参照: UniProt: Q6FV03, thiamine phosphate synthase, hydroxyethylthiazole kinase
#2: 化合物
ChemComp-3NM / 4-methyl-5-[2-(phosphonooxy)ethyl]-1,3-thiazole-2-carboxylic acid


分子量: 267.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10NO6PS
#3: 化合物
ChemComp-IFP / 2-TRIFLUOROMETHYL-5-METHYLENE-5H-PYRIMIDIN-4-YLIDENEAMINE / 4-IMINO-5-METHIDYL-2-TRIFLUOROMETHYLPYRIMIDINE


分子量: 175.111 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4F3N3
#4: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG400, 200 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→38.55 Å / Num. all: 159587 / Num. obs: 74009 / Biso Wilson estimate: 72.75 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.211→38.55 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8117 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 3726 5.04 %
Rwork0.2011 --
obs0.2027 73892 97.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.278 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 160.77 Å2 / Biso mean: 79.8352 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-27.7759 Å20 Å227.0709 Å2
2---1.9235 Å2-0 Å2
3----25.8524 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.211→38.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22573 0 228 0 22801
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123154
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22731476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0713756
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6828244
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3764X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.047
12B3764X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.047
13C3764X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
14D3764X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
15E3764X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
16F3764X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.211-3.25160.41591060.35442066217278
3.2516-3.29440.35881330.33142562269596
3.2944-3.33950.28561310.3042576270798
3.3395-3.38710.31091410.28822612275399
3.3871-3.43770.3281570.28032584274199
3.4377-3.49140.28591310.27812650278199
3.4914-3.54860.30151500.26472609275999
3.5486-3.60970.33841260.25972638276499
3.6097-3.67530.2911390.24012603274299
3.6753-3.74590.29451470.220926652812100
3.7459-3.82230.26221390.224826352774100
3.8223-3.90540.24751370.210326362773100
3.9054-3.99610.25381340.19742619275399
3.9961-4.09590.18291360.18262633276999
4.0959-4.20660.19231310.17272659279099
4.2066-4.33020.20881170.16022663278099
4.3302-4.46970.16161280.15082632276099
4.4697-4.62920.15781580.14132614277299
4.6292-4.81430.18761400.14592642278299
4.8143-5.03290.1761310.14332636276799
5.0329-5.29760.18341590.15262605276499
5.2976-5.62860.18691310.15582653278499
5.6286-6.06170.18661590.1642591275098
6.0617-6.66880.20611390.16832632277198
6.6688-7.62730.18261470.15612609275698
7.6273-9.58520.14531340.14112622275697
9.5852-38.55580.22171450.20262520266593

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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