PDB-3nku: Crystal structure of the N-terminal domain of DrrA/SidM from Legi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nku

タイトル

Crystal structure of the N-terminal domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila

要素

DrrA

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION / AMPYLATION / ADENYLYLATION / RAB1B / RAB1 / DRRA / SIDM / VESICULAR TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

: / protein guanylylation / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / host cell cytoplasmic vesicle / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / regulation of GTPase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Mueller, M.P. / Peters, H. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S. / Itzen, A.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: The Legionella effector protein DrrA AMPylates the membrane traffic regulator Rab1b.
著者: Muller, M.P. / Peters, H. / Blumer, J. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S. / Itzen, A.

履歴

登録	2010年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nku.cif.gz	160.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nku.ent.gz	134.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nku.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nku_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nku_full_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示
XML形式データ	3nku_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	3nku_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/3nku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/3nku	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nkvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5pyg-2 1jtn-2 5pxx-2 5pyw-2 5pyd-1 5pwj-1 5pz7-1 5pz0-2 6wji-1 1b87-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DrrA

B: DrrA

ヘテロ分子

49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DrrA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DrrA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.609, 49.955, 159.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DrrA / sidM 分子量: 24551.354 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (residues 9-218) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) 株: Philadelphia / 遺伝子: DrrA / プラスミド: pOPIN-NHis-3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q29ST3
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.6 %
結晶化	温度: 298 K 詳細: 35 - 40% (v/v) PEG600, 0.1 M phosphate/citrate, 3% (w/v) glucose monohydrate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP PH範囲: 4.2 - 4.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月15日 / 詳細: SI(111)

放射

モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

Av σ(I) over netI: 16.01 / 数: 221514 / R_merge(I) obs: 0.154 / D res high: 2.4 Å / Num. obs: 29314 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
20	47.7	52	96.3	1	0.069
15	20	68	100	1	0.048
10	15	276	100	1	0.05
7	10	775	100	1	0.056
6	7	711	100	1	0.071
5	6	1348	100	1	0.079
4	5	3103	100	1	0.084
3	4	8676	100	1	0.17
2.9	3	1613	100	1	0.4
2.8	2.9	1805	100	1	0.496
2.7	2.8	2136	100	1	0.615
2.6	2.7	2488	100	1	0.79
2.5	2.6	2879	100	1	0.955
2.4	2.5	3384	100	1	1.229

反射

解像度: 2.1→47.7 Å / Num. obs: 23028 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 41.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16.56

反射シェル

解像度: 2.1→2.2 Å / R_merge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

解像度: 2.1→47.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 9.522 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	1129	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.182	23028	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.399 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2968	0	17	161	3146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.708	1.987	4139
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.971	3.001	5170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.736	5	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.563	25.811	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.315	15	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.885	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	562
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.118	1.5	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.307	1.5	751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.057	2	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.632	3	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.808	4.5	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	80	-
R_work	0.167	1601	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.091	1.206	0.4269	2.7701	0.5541	1.612	0.0703	-0.2159	-0.1201	0.1208	0.1751	0.0101	0.1148	-0.0793	-0.2455	0.0945	0.0241	-0.0516	0.1129	0.0449	0.073	42.1172	16.4765	35.8773
2	1.148	-0.012	-0.0488	0.7833	-0.3807	0.7402	0.024	-0.0191	0.0271	0.0625	0.0242	-0.0511	-0.0141	-0.0178	-0.0481	0.0336	0.0021	-0.0042	0.0317	-0.0076	0.0147	37.6982	37.031	5.6648

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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