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- PDB-3nk5: Crystal structure of AqpZ mutant F43W -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nk5
タイトルCrystal structure of AqpZ mutant F43W
要素Aquaporin Z
キーワードTRANSPORT PROTEIN / aquaporin / integral membrane protein / selectivity filter
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aquaporin Z / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Savage, D.F. / O'Connell, J.D. / Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural context shapes the aquaporin selectivity filter.
著者: Savage, D.F. / O'Connell, J.D. / Miercke, L.J. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M.
履歴
登録2010年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software
Item: _audit_author.name / _software.classification / _software.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin Z
B: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1596
ポリマ－47,9902
非ポリマー1,1694
水2,450136
1
A: Aquaporin Z
ヘテロ分子

A: Aquaporin Z
ヘテロ分子

A: Aquaporin Z
ヘテロ分子

A: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,48816
ポリマ－95,9804
非ポリマー3,50812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area14220 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area28430 Å2
手法PISA
2
B: Aquaporin Z
ヘテロ分子

B: Aquaporin Z
ヘテロ分子

B: Aquaporin Z
ヘテロ分子

B: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1498
ポリマ－95,9804
非ポリマー1,1694
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
Buried area18480 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area30160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.424, 92.424, 78.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-286-

HOH

21B-256-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 228 / Label seq-ID: 4 - 231

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological assembly is a tetramer and can be generated from either chain in the structure by the 4-fold crystallographic symmetry axis: (X,Y,Z), (-X,-Y,Z), (-Y,X,Z), (Y,-X,Z)

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要素

#1: タンパク質 Aquaporin Z / Bacterial nodulin-like intrinsic protein


分子量: 23994.967 Da / 分子数: 2 / 断片: Chains A and B / 変異: F43W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: aqpZ, b0875, bniP, JW0859 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60844
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25-30% PEG2000,100mM sodium cacodylate, 50-100mM MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月15日 / 詳細: monochrometer
放射モノクロメーター: Khozu double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→92.45 Å / Num. all: 24848 / Num. obs: 24848 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.532.90.6991.1958932810.69986.6
2.53-2.682.90.4731.6942432520.47391.7
2.68-2.8730.3072.4946631870.30794.7
2.87-3.13.10.1983.7947730500.19896.8
3.1-3.393.30.1215.9918328230.12197.8
3.39-3.793.40.0828.6880626220.08299.7
3.79-4.383.50.05711.7819623220.057100
4.38-5.373.50.04614.3679319490.04699.9
5.37-7.593.60.03717.4565615520.037100
7.59-19.9923.80.02520.231048100.02594.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.99 Å
Translation2.5 Å19.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.21データスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ELVES精密化
ELVESデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 209F

209f


解像度: 2.4→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.2052 / WRfactor Rwork: 0.1741 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8868 / SU B: 14.28 / SU ML: 0.148 / SU R Cruickshank DPI: 0.2787 / SU Rfree: 0.2128 / Isotropic thermal model: individual restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2203 1264 5.1 %RANDOM
Rwork0.1812 ---
obs0.1831 24847 95.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.39 Å2 / Biso mean: 49.589 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3356 0 80 136 3572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223532
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7121.964812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.16135575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1615460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.05422.037108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.73915465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.568159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6461.52256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1921.5974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13523564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98531276
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.914.51248
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2730 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
TIGHT POSITIONAL0.050.05
TIGHT THERMAL0.170.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 81 -
Rwork0.305 1556 -
all-1637 -
obs--84.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5948-0.0522-0.34641.8035-0.04291.358-0.04530.27520.2961-0.2614-0.06420.2502-0.2478-0.3070.10950.10640.0631-0.09610.10960.00230.1594-13.406314.2462-9.9462
21.502-0.0998-0.07021.92360.23223.52370.1849-0.3164-0.37760.32540.2562-0.25841.06810.5188-0.44110.39060.1446-0.2290.1608-0.01850.2321-37.584228.786827.7814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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