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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3njw | ||||||
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タイトル | First High Resolution Crystal Structure of a Lasso Peptide | ||||||
![]() | Bicyclic peptide BI-32169 | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / lasso peptide / lariat / protoknot / BI-32169 / glucagon receptor antagonist / microbial peptide | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Nar, H. / Schmid, A. / Puder, C. / Potterat, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution crystal structure of a lasso Peptide. 著者: Nar, H. / Schmid, A. / Puder, C. / Potterat, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 14.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 10.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 383.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 383.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2057.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 17.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: BI-32169 peptide in 50% DMSO/water mixture equilibrated against 20-50% MPD, 0.1-0.5M sodium phosphate or ammonium sulphate, 0.1M Tris HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月25日 / 詳細: multilayer optics |
放射 | モノクロメーター: multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.86→8.94 Å / Num. all: 19700 / Num. obs: 19602 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 0.86→0.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 87.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 0.86→8.94 Å / Num. parameters: 1443 / Num. restraintsaints: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 124 / Occupancy sum non hydrogen: 161 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.86→8.94 Å
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 0.86 Å / Num. reflection obs: 16628 |