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万見
- PDB-3njw: First High Resolution Crystal Structure of a Lasso Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3njw
タイトルFirst High Resolution Crystal Structure of a Lasso Peptide
要素Bicyclic peptide BI-32169
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / lasso peptide / lariat / protoknot / BI-32169 / glucagon receptor antagonist / microbial peptide
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / AB INITIO / 解像度: 0.86 Å
データ登録者Nar, H. / Schmid, A. / Puder, C. / Potterat, O.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2010
タイトル: High-resolution crystal structure of a lasso Peptide.
著者: Nar, H. / Schmid, A. / Puder, C. / Potterat, O.
履歴
登録2010年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Atomic model / Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bicyclic peptide BI-32169


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0571
ポリマ－2,0571
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)19.465, 21.432, 29.523
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Bicyclic peptide BI-32169


分子量: 2057.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: DSM 14996 / 発現宿主: Streptomyces sp. (バクテリア)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 17.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: BI-32169 peptide in 50% DMSO/water mixture equilibrated against 20-50% MPD, 0.1-0.5M sodium phosphate or ammonium sulphate, 0.1M Tris HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月25日 / 詳細: multilayer optics
放射モノクロメーター: multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.86→8.94 Å / Num. all: 19700 / Num. obs: 19602 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 0.86→0.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
StructureStudioデータ収集
SHELXD位相決定
SHELXL-97精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 0.86→8.94 Å / Num. parameters: 1443 / Num. restraintsaints: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4
Rfactor反射数%反射Selection details
all0.1055 19602 --
obs0.0938 16628 98.7 %-
Rfree---RANDOM
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 124 / Occupancy sum non hydrogen: 161
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.86→8.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数144 0 0 25 169
LS精密化 シェル最高解像度: 0.86 Å / Num. reflection obs: 16628

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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