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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3njl | ||||||
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タイトル | D116A mutant of SO1698 protein, an aspartic peptidase from Shewanella oneidensis, at pH7.5 | ||||||
![]() | Peptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / ASPARTIC PEPTIDASE / AUTOCATALYSIS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG | ||||||
機能・相同性 | DP-EP family / DP-EP family / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / metal ion binding / Autocatalytic aspartic peptidase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Bargassa, M. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of member of DUF1888 protein family, self-cleaving and self-assembling endopeptidase. 著者: Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Bargassa, M. / Hamilton, J.E. / Cunningham, M.A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13682.532 Da / 分子数: 1 / 変異: D116A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MR-1 / 遺伝子: SO_1698 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES buffer, 0.5 M magnesium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月13日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→31.2 Å / Num. all: 19469 / Num. obs: 19469 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 0.894 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.786 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 1603 / Χ2: 0.961 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3N55 解像度: 1.75→31.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.447 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 50.66 Å2 / Biso mean: 33.232 Å2 / Biso min: 7.98 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→31.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.753→1.798 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 0.5793 Å / Origin y: 21.8105 Å / Origin z: 46.3252 Å
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