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- PDB-3njk: D116A mutant of SO1698 protein, an aspartic peptidase from Shewan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3njk
タイトルD116A mutant of SO1698 protein, an aspartic peptidase from Shewanella oneidensis, at pH5.5
要素Peptidase
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / ASPARTIC PEPTIDASE / AUTOCATALYSIS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性DP-EP family / DP-EP family / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / metal ion binding / Autocatalytic aspartic peptidase
機能・相同性情報
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Bargassa, M. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Characterization of member of DUF1888 protein family, self-cleaving and self-assembling endopeptidase.
著者: Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Bargassa, M. / Hamilton, J.E. / Cunningham, M.A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月10日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7752
ポリマ－13,6831
非ポリマー921
水2,774154
1
A: Peptidase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,64812
ポリマ－82,0956
非ポリマー5536
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area15590 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area28350 Å2
手法PISA
2
A: Peptidase
ヘテロ分子

A: Peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5494
ポリマ－27,3652
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area2750 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11890 Å2
手法PISA
3
A: Peptidase
ヘテロ分子

A: Peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5494
ポリマ－27,3652
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
Buried area2350 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.013, 99.013, 101.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-224-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Peptidase


分子量: 13682.532 Da / 分子数: 1 / 変異: D116A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_1698 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8EGA7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 1% PEG-3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月23日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→28.6 Å / Num. all: 30415 / Num. obs: 30415 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 0.967 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique all: 1444 / Χ2: 1.041 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N55

3n55


解像度: 1.5→28.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.77 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.167 1550 5.1 %RANDOM
Rwork0.154 ---
all0.155 30386 --
obs0.155 30386 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.08 Å2 / Biso mean: 24.873 Å2 / Biso min: 6.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数916 0 6 154 1076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221032
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9291.9841433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02131673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7275151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.40826.90542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48815178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.688152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1461.5654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3271.5264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94621092
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5773378
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0774.5327
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 125 -
Rwork0.313 2017 -
all-2142 -
obs-2142 95.16 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.1488 Å / Origin y: 11.2534 Å / Origin z: 54.1984 Å
111213212223313233
T0.0361 Å2-0.0325 Å2-0.0223 Å2-0.0631 Å2-0.0063 Å2--0.0981 Å2
L1.2065 °2-0.4688 °20.0492 °2-1.3391 °20.0767 °2--0.7971 °2
S-0.027 Å °-0.0315 Å °0.2044 Å °0.0423 Å °0.0232 Å °-0.331 Å °-0.0357 Å °0.132 Å °0.0038 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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