[日本語] English
万見
- PDB-3ni0: Crystal Structure of Mouse BST-2/Tetherin Ectodomain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ni0
タイトルCrystal Structure of Mouse BST-2/Tetherin Ectodomain
要素Bone marrow stromal antigen 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / coiled-coil / antiviral defense / GPI anchor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / response to interferon-alpha / metalloendopeptidase inhibitor activity / negative regulation of viral genome replication / response to type II interferon / side of membrane / Neutrophil degranulation / negative regulation of cell migration ...negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / response to interferon-alpha / metalloendopeptidase inhibitor activity / negative regulation of viral genome replication / response to type II interferon / side of membrane / Neutrophil degranulation / negative regulation of cell migration / regulation of actin cytoskeleton organization / response to virus / negative regulation of cell growth / late endosome / defense response to virus / membrane raft / apical plasma membrane / innate immune response / Golgi apparatus / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1700 / Bone marrow stromal antigen 2 / Bone marrow stromal antigen 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Bone marrow stromal antigen 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Scheaffer, S.M. / Brett, T.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Biophysical Analysis of BST-2/Tetherin Ectodomains Reveals an Evolutionary Conserved Design to Inhibit Virus Release.
著者: Swiecki, M. / Scheaffer, S.M. / Allaire, M. / Fremont, D.H. / Colonna, M. / Brett, T.J.
履歴
登録2010年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bone marrow stromal antigen 2
B: Bone marrow stromal antigen 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4433
ポリマ－22,3832
非ポリマー601
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.685, 100.831, 110.432
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-253-

HOH

21B-254-

HOH

31B-267-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bone marrow stromal antigen 2 / BST-2 / HM1.24 antigen / CD317


分子量: 11191.465 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 53-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bst2 / プラスミド: pET23B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q8R2Q8
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.28 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M phosphate/citrate, 35% isopropanol, 5% PEG 1000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00007 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月24日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 25314 / Num. obs: 25314 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2465 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1D7M

1d7m


解像度: 1.601→32.154 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2369 1196 5.06 %random
Rwork0.2138 ---
obs0.2149 23628 93.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.095 Å2 / ksol: 0.445 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7543 Å20 Å2-0 Å2
2--9.3017 Å20 Å2
3----11.056 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.601→32.154 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1452 0 4 225 1681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031459
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5641959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.348580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001262
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.601-1.66530.27621220.22162291241387
1.6653-1.74110.2711200.22132301242188
1.7411-1.83290.25521350.21112276241187
1.8329-1.94770.25031220.21972352247489
1.9477-2.09810.22841350.19912614274998
2.0981-2.30920.22431230.19262584270797
2.3092-2.64320.19981400.19422632277298
2.6432-3.32960.23371660.20812645281199
3.3296-32.16050.24731330.23092737287096

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る